Scipy 树状图的简单着色

Question

我正在尝试使用 Scipy 创建单色（例如，白底黑字）树状图。在 Scipy 文档之后，我一直在玩 set_link_color_pallete 函数，但一直只得到黑色的一组，而树状图的其余部分是蓝色的（见下图）。

这是我的测试代码：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.cluster import hierarchy

ytdist = np.array([662., 877., 255., 412., 996., 295., 468., 268.,
                    400., 754., 564., 138., 219., 869., 669.])
Z = hierarchy.linkage(ytdist, 'single')
hierarchy.set_link_color_palette(['k', 'k', 'k', 'k', 'k'])
dn = hierarchy.dendrogram(Z)
plt.show()

应该是解决这个问题的问题，但是我没看明白。

有什么提示或建议吗？

Answer 1

一种简单的方法是在 0 处设置 color_threshold，然后将 above_threshold_color 设置为 'k'，如下所示：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.cluster import hierarchy

ytdist = np.array([662., 877., 255., 412., 996., 295., 468., 268.,
                    400., 754., 564., 138., 219., 869., 669.])
Z = hierarchy.linkage(ytdist, 'single')
dn = hierarchy.dendrogram(Z, color_threshold=0, above_threshold_color='k')
plt.show()

Scipy 树状图的简单着色

Simple coloring of Scipy dendrograms

python

hierarchical-clustering

scipy