R：没有使用 gsub() 函数替换任何内容

Question

您好，我已尝试使用以下代码替换数据框中列的值。

sampleNumber <- c(1:length(sampleId))
for (value in sampleNumber){
  genotypeCol <- paste("annotateData$", sampleId[value], sep = "") #sampleId is a vector contains column names in annotateData
  genotypeCol <- gsub("0\/0", "ref", genotypeCol)
  genotypeCol <- gsub("0\/1|0\/2|0\/3|1\/2|1\/3|2\/3", "het", genotypeCol)
  genotypeCol <- gsub("1\/1|2\/2|3\/3", "hom", genotypeCol)
}

无论如何，内容还是一样的，但是如果我改用下面的代码就可以了。

annotateData$Genotype_SM01 <- gsub("0\/0", "ref", annotateData$Genotype_SM01)
annotateData$Genotype_SM01 <- gsub("0\/0", "ref", annotateData$Genotype_SM01)
annotateData$Genotype_SM01 <- gsub("0\/0", "ref", annotateData$Genotype_SM01)

关于这个问题的任何想法。

Answer 1

您正在向 gsub() 提供一个包含您的变量名称的字符串。要获取实际变量，请使用 get(paste("annotateData$", sampleId[value], sep = ""))
编辑

aux=get("annotateData")
var=aux[,sampleID[value]]

在这种情况下，var 保留 annotateData$Genotype_SM01

的值

编辑 2
重新解决您的问题，以下代码应该可以满足您的要求。

annotateData=data.frame("Genotype_SM01"=c("a","a","b"),
                    "Genotype_SM02"=c("a","a","a"),
                    "Genotype_SM02"=c("b","b","a"),
                    stringsAsFactors = FALSE)
sampleId=names(annotateData)

sampleNumber <- c(1:length(sampleId))

for (value in sampleNumber){
  aux=annotateData[,sampleID[value]]
  aux <- gsub("0\/0", "ref", aux)
  aux <- gsub("0\/1|0\/2|0\/3|1\/2|1\/3|2\/3", "het", aux)
  aux <- gsub("1\/1|2\/2|3\/3", "hom", aux)
  annotateData[,sampleID[value]]=aux
}

R：没有使用 gsub() 函数替换任何内容

R: Nothing was replaced using gsub() function

for-loop

r

gsub

dataframe