如何绘制图表以比较 rpkm 值

Question

我在分析 RNA-Seq 数据方面有相当丰富的经验，但我正在寻找可视化数据的新方法。我通常使用热图和火山图，但我想 make this plot which is from this paper. 我可以在进行 DEG 分析之前使用 rlog 转换数据制作这种类型的图，但我想根据统计显着的表达差异为点着色。

我在网上搜索过，没能找到创建这个情节的好方法。在此先感谢您的任何建议。

Answer 1

这个问题更多是关于生物信息学的，所以你最好在 biostar 上post。

在任何情况下，也许您可​​以使用包 "ggscatter" 或 "ggplot2" 绘制散点图，并使用 if else 语句为具有统计显着性的基因着色。 请提供您的数据样本。