通过 MNI 坐标提取微阵列数据

Question

如何在RESTful中编写查询，通过MNI坐标获取人体微阵列数据？

我想在 MNI space 体积内提取所有微阵列测量的基因表达水平的 CSV。或者按结构但每个微阵列样本来自 MNI 坐标。

Answer 1

这些在压缩电子表格中提供，您可以在此处下载：

示例电子表格中有 mni_x、mni_y 和 mni_z 列。

通过 RMA，您可以为给定的供体（例如名称 H0351.2001，id 9861）下载 T1->MNI 仿射变换，如下所示：

http://api.brain-map.org/api/v2/data/Specimen/query.xml?criteria=[name$eq'H0351.2001']&include=alignment3d

return 可以重新整形为这样的矩阵（MATLAB 语法）：

M = [ x.tvr_00 x.tvr_01 x.tvr_02 x.tvr_09;
      x.tvr_03 x.tvr_04 x.tvr_05 x.tvr_10;
      x.tvr_06 x.tvr_07 x.tvr_08 x.tvr_11 ];

然后您可以获取样本的 T1 XYZ 坐标，与该矩阵预乘，得到粗略的 MNI 坐标。

Pulling microarray data by MNI coordinates