Apache Spark 中的大型 RDD [MatrixEntry] 超出了 GC 开销限制

Question

我有一个 csv 文件存储了维度 6,365x214 的用户项数据，我通过使用 columnSimilarities() org.apache.spark.mllib.linalg.distributed.CoordinateMatrix.

我的代码如下所示：

import org.apache.spark.mllib.linalg.{Vector, Vectors}
import org.apache.spark.mllib.linalg.distributed.{RowMatrix, 
MatrixEntry, CoordinateMatrix}
import org.apache.spark.rdd.RDD

def rddToCoordinateMatrix(input_rdd: RDD[String]) : CoordinateMatrix = {

    // Convert RDD[String] to RDD[Tuple3]
    val coo_matrix_input: RDD[Tuple3[Long,Long,Double]] = input_rdd.map(
        line => line.split(',').toList
    ).map{
            e => (e(0).toLong, e(1).toLong, e(2).toDouble)
    }

    // Convert RDD[Tuple3] to RDD[MatrixEntry]
    val coo_matrix_matrixEntry: RDD[MatrixEntry] = coo_matrix_input.map(e => MatrixEntry(e._1, e._2, e._3))

    // Convert RDD[MatrixEntry] to CoordinateMatrix
    val coo_matrix: CoordinateMatrix  = new CoordinateMatrix(coo_matrix_matrixEntry)

    return coo_matrix
}

// Read CSV File to RDD[String]
val input_rdd: RDD[String] = sc.textFile("user_item.csv")

// Read RDD[String] to CoordinateMatrix
val coo_matrix = rddToCoordinateMatrix(input_rdd)

// Transpose CoordinateMatrix
val coo_matrix_trans = coo_matrix.transpose()

// Convert CoordinateMatrix to RowMatrix
val mat: RowMatrix = coo_matrix_trans.toRowMatrix()

// Compute similar columns perfectly, with brute force
// Return CoordinateMatrix
val simsPerfect: CoordinateMatrix = mat.columnSimilarities()

// CoordinateMatrix to RDD[MatrixEntry]
val simsPerfect_entries = simsPerfect.entries

simsPerfect_entries.count()

// Write results to file
val results_rdd = simsPerfect_entries.map(line => line.i+","+line.j+","+line.value)

results_rdd.saveAsTextFile("similarity-output")

// Close the REPL terminal
System.exit(0)

并且，当我运行这个脚本在 spark-shell 在运行ning 代码行 simsPerfect_entries.count() :

之后，我得到了以下错误

java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded

已更新：

我尝试了很多其他人已经给出的解决方案，但我没有成功。

1 通过增加每个执行程序进程使用的内存量 spark.executor.memory=1g

2 通过减少用于驱动程序进程的核心数 spark.driver.cores=1

给我一些解决这个问题的方法。

Answer 1

所有 Spark 转换都是惰性的，直到您真正实现它。当您定义 RDD 到 RDD 的数据操作时，Spark 只是将操作链接在一起，而不执行实际计算。因此，当您调用 simsPerfect_entries.count() 时，将执行操作链并获得您的号码。

错误 GC overhead limit exceeded 表示 JVM 垃圾收集器 activity 太高以至于停止执行您的代码。由于以下原因，GC activity 可能会如此之高：

您生产了太多小物件并立即丢弃它们。看来你不是。
您的数据不适合您的 JVM 堆。就像您尝试将 2GB 的文本文件加载到 RAM 中，但只有 1GB 的 JVM 堆。看起来是你的情况。

要解决此问题，请尝试增加 JVM 堆的数量：

如果您有分布式 Spark 设置，您的工作节点。
你的 spark-shell 应用程序。

Apache Spark 中的大型 RDD [MatrixEntry] 超出了 GC 开销限制

GC overhead limit exceeded with large RDD[MatrixEntry] in Apache Spark

garbage-collection

scala

apache-spark

已更新：