将 hdf5 转换为在文件夹中组织的原始文件

Question

我使用脚本使图像与图集相匹配。此脚本输入 .raw 图像，组织在如下文件夹中：

imageFolder
-- folder1
---- image1.raw
---- image2.raw
-- folder2
---- image1.raw
---- image2.raw

我在 hdf5 中有一张图片，我想将它转换成多个文件，如前所述。这个组织看起来像 hdf5，不是吗？

我想知道是否可以在 Python 中执行此操作。如果是，我应该使用哪个包？我查看了 h5py，但没有找到导出为原始文件并保持层次结构的函数。

Answer 1

Feiten，你可以使用.visititems()递归调用一个函数（def）导出数据。您可以查询对象类型和名称。组名将是您的文件夹名称，数据集名称将是您的文件名。附件是一个非常简单的例子，展示了如何使用 .visititems()。如果您不熟悉 h5py and/or HDF5 结构，它有一些输出更多信息的打印语句（已注释掉）。这应该可以帮助您入门。

import h5py

def print_grp_name(grp_name, object):

#  print ('object = ' , object)
#  print ('Group =', object.name)

  try:
    n_subgroups = len(object.keys())
    #print ('Object is a Group')
  except:
    n_subgroups = 0
    #print ('Object is a Dataset')
    dataset_list.append (object.name)

#  print ('# of subgroups = ', n_subgroups )

if __name__ ==  '__main__' :  
    with h5py.File(your-filename-here,'r') as h5f:

        print ('visting group = ', h5f)
        dataset_list = []
        h5f.visititems(print_grp_name)

    print (dataset_list)

将 hdf5 转换为在文件夹中组织的原始文件

Convert hdf5 to raw organised in folders

python

hdf5