shinyApp 不将 Rmarkdown 文件渲染为 RStudio

Question

我很难理解为什么 shinyApp 不能像 RStudio 那样呈现 Rmarkdown 文件，即使 Rmarkdown 在 app.R.

中明确定义也是如此

下面的 Rmd 文件是用 RStudio 编写的，当单击 "Run document" 按钮时，会生成一个 HTML 文档，其中包含应用程序的友好网页、侧边栏、页面和绘图.但是，如果它与 shiny-server 中的 app.R 文件一起托管，则会返回一些错误并且呈现的文件缺少原始文档的结构（例如侧边栏、页面等）。这也可以通过运行 Rscript --vanilla app.R 并转到 localhost:port.

生成

这是我正在使用的文件：

example.Rmd

---
title: "Example file"
runtime: shiny
theme: simplex
vertical_layout: fill
output:
  flexdashboard::flex_dashboard:
    orientation: rows
---

```{r setup, include=FALSE}
library(shiny)
library(tidyverse)
library(plotly)
```

Sidebar {.sidebar}
======================================================================

**Options**

```{r opt_general, echo = FALSE}
selectInput("opt_cyl",
            label = "Select cyl",
            choices = mtcars %>% .$cyl %>% unique %>% sort,
            multiple = TRUE,
            selected = "4")

sliderInput("opt_qsec", label = "Qsec", min = mtcars$qsec %>% min, max = mtcars$qsec %>% max, value = mtcars$qsec %>% max, step = 0.01)
```

**More options**

```{r opt_dist, echo = FALSE}
checkboxInput("opt_log", label = "Log scale (qsec)", value = FALSE)
```

Explore
======================================================================

```{r global, echo=FALSE}
 mtcars$cyl <- as.character(mtcars$cyl)
 ```

 ```{r reactive_global, echo=FALSE}
rcars <- reactive({
   C <- dplyr::filter(mtcars, cyl==input$opt_cyl, qsec <= input$opt_qsec)
  return(C)
})
 ```

Row
------------------------

### One nice plot

```{r plot1a, echo = FALSE}
    uiOutput("r1a")

output$r1a <- renderUI({
  plotlyOutput("p1a")
})

output$p1a <- renderPlotly({
  P <- mtcars %>% ggplot() + geom_point(aes(x=cyl, y=qsec))
  ggplotly(P)
})
```

### Another nice plot

```{r plot1b, echo = FALSE}
uiOutput("r1b")

output$r1b <- renderUI({
  plotlyOutput("p1b")
})

output$p1b <- renderPlotly({
  P <- rcars() %>% ggplot() + geom_point(aes(x=cyl, y=qsec))
  ggplotly(P)
})
```

Row
------------------------

### Second row plot

```{r plot2, echo = FALSE}
uiOutput("r2")

output$r2 <- renderUI({
  plotlyOutput("p2")
})

output$p2 <- renderPlotly({
  C <- rcars()
  if (input$opt_log) C$qsec <- log(C$qsec)
  P <- C %>% ggplot() + geom_point(aes(x=mpg, y=qsec))
  ggplotly(P)
})
```

About
======================================================================

Some nice README

对应的app.R文件为：

library(shiny)
library(knitr)

ui <- shinyUI(
  fluidPage(
    uiOutput('markdown')
  )
)

server <-function (input, output) {
  output$markdown <- renderUI({
    HTML(markdown::markdownToHTML(knit('example.Rmd', quiet = TRUE)))
  })
}

shinyApp(ui, server)

日志文件中返回的错误是：

Listening on http://127.0.0.1:44229 Warning: Error in : Result must have length 32, not 0 125: Warning: Error in : Result must have length 32, not 0 100:

有人能告诉我为什么会这样吗？谢谢

Answer 1

您可以尝试通过如下更改 app.R 来模仿函数 rmarkdown::run。

library(shiny)

file <- 'example.Rmd'
dir <- dirname(file)

ui <- rmarkdown:::rmarkdown_shiny_ui(dir, file)
render_args <- list()
render_args$envir <- parent.frame()
server <- rmarkdown:::rmarkdown_shiny_server(dir, file, 'UTF-8', T, render_args)

shinyApp(ui, server)

shinyApp 不将 Rmarkdown 文件渲染为 RStudio

shinyApp not rendering Rmarkdown file as RStudio

r

rstudio

r-markdown

shiny

shiny-server