Rcpp::stop() 在 g++ 下使 R 崩溃

Question

这是一个调用 Rcpp::stop()

的简单测试函数

#include <Rcpp.h>

NumericVector dostop()
{
  Rcpp::stop("foo");
  NumericVector x(1);

  return x;
}

在 OS X 上有 clang 时，这按预期执行：

> library(Rcpp)
> sourceCpp('stop.cpp')
> dostop()
Error in dostop() : foo
>

然而，在 Linux 上使用 g++，此函数崩溃 R:

> library(Rcpp)
> sourceCpp('stop.cpp')
> dostop()
*** glibc detected *** /share/apps/R/3.3.3/lib64/R/bin/exec/R: free(): invalid pointer: 0x0000000001c29ff8 ***
======= Backtrace: =========
/lib64/libc.so.6[0x3407c75f4e]
/lib64/libc.so.6[0x3407c78cad]
/tmp/RtmpiUT8Xb/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.1/sourcecpp_7dc862cd8f07/sourceCpp_2.so(_Z31exception_to_condition_templateIN4Rcpp9exceptionEEP7SEXPRECRKT_b+0x1da)[0x7f6fab831287]
/tmp/RtmpiUT8Xb/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.1/sourcecpp_7dc862cd8f07/sourceCpp_2.so(_Z29rcpp_exception_to_r_conditionRKN4Rcpp9exceptionE+0x29)[0x7f6fab83073d]
/tmp/RtmpiUT8Xb/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.1/sourcecpp_7dc862cd8f07/sourceCpp_2.so(sourceCpp_1_dostop+0x27d)[0x7f6fab82dd02]
/share/apps/R/3.3.3/lib64/R/lib/libR.so(+0xdc4fe)[0x7f6fb4ea04fe]
(and many more lines of similar)

这里是相关的会话信息：

> sessionInfo()
R version 3.3.3 (2017-03-06)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Red Hat Enterprise Linux Workstation release 6.6 (Santiago)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] Rcpp_1.0.1

问题 1：我应该正确使用 Rcpp::stop() 吗？也就是说，我是否应该像 OS X 案例那样调用它并在控制台收到错误消息？

问题 2：如果是这样，对于我在 Linux/g++ 上看到的绝对次优行为，是否有任何解决方法？

Answer 1

简要回答：

问题 1

您正在正确使用 Rcpp::stop()。但是你的系统已经有好几年了，落后了几个 R 版本，我们制作了几十个 (!!) Rcpp 版本，因为它是最新的。 stone-old R 和编译器与当前 Rcpp 的组合很少见。

问题 2

升级到当前版本，或者坚持使用我们在那些 R 和 g++ 版本规则时制作的旧版本。也许尝试 Rcpp 版本 0.12.* 或 0.13.*.

例子

当前 OS 和编译器版本：

> Rcpp::cppFunction('double doStop(NumericVector x) { stop("foo"); return x[1]; }')
> doStop(c(1.2, 3.4))
Error in doStop(c(1.2, 3.4)) : foo
> 
> sessionInfo()
R version 3.6.0 (2019-04-26)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.10

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas/libblas.so.3
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenblasp-r0.3.3.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.6.0 tools_3.6.0    Rcpp_1.0.1    
>

Answer 2

我运行最近在centos 7.3 和R 3.6 下遇到这个问题。您可能正在使用 gcc >= 5.1 的版本以及相关的 libstdc++，而您的 glibc 版本是 <= 2.17.

在此上下文中，最好使用 -D_GLIBCXX_USE_CXX11_ABI=0 标志编译 C++11 代码以使其正常工作。

您可以添加

CXXFLAGS=-D_GLIBCXX_USE_CXX11_ABI=0

在您的 ~/.R/Makevars 文件中并重新安装 Rcpp。改完后没发现什么问题

Rcpp::stop() 在 g++ 下使 R 崩溃

Rcpp::stop() crashes R under g++

rcpp

问题 1

问题 2

例子