Perfplot bench() raises "TypeError: ufunc 'isfinite' not supported for the input types, and the input types"

Question

我正在使用 perpflot 库来测试 DatetimeIndex 在搜索 pandas 数据帧时的效果。

我定义了一个设置函数来创建 2 个数据帧。一个带有日期时间索引，另一个带有时间作为列。我还定义了 2 个函数，它们分别在索引和列中使用 .loc，在子数据中使用 returns。但是，它显示 typeError。

TypeError: ufunc 'isfinite' not supported for the input types, and the inputs could not be safely coerced to any supported types according to the casting rule ''safe''

代码：

import numpy as np
import pandas as pd
from datetime import datetime
import perfplot


def setup_code(n):
    timeline = pd.date_range(end=datetime.now(), freq='1s', periods=n)
    sensor_readings = np.random.randint(100, size=(n, 4))
    col_labels = ['Sensor1', 'Sensor2', 'Sensor3', 'Sensor4']
    data = pd.DataFrame(sensor_readings, columns=col_labels)
    data['time'] = timeline
    data['time'] = pd.to_datetime(data['time'])
    data2 = data.copy()
    data2 = data2.set_index('time')
    print(n)
    return [data, data2]


def f1(ldata):
    data = ldata[0]
    subdata = data.loc[(data['time'] >= '2019-06-21 08:00:00') & (data['time'] <= '2019-06-21 11:00:00')]
    return subdata


def f2(ldata):
    data = ldata[1]
    subdata = data.loc['2019-06-21 04:00:00':'2019-06-21 10:00:00']
    return subdata


out = perfplot.bench(
    setup=setup_code,  
    kernels=[
        f1, f2
    ],
    n_range=[1000 ** k for k in range(1, 3)],
    labels=['Without Indexing', 'With Indexing'],
    xlabel='Length of DataFrame'
)
out.show()

回溯：

Traceback (most recent call last):                                                                                                | 0/2 [00:00<?, ?it/s]
  File ".\scratchpad.py", line 39, in <module>
    xlabel='Length of DataFrame'
  File "C:\Users\hpandya\AppData\Local\Continuum\anaconda3\lib\site-packages\perfplot\main.py", line 128, in bench
    reference, kernel(data)
  File "C:\Users\hpandya\AppData\Local\Continuum\anaconda3\lib\site-packages\numpy\core\numeric.py", line 2423, in allclose
    res = all(isclose(a, b, rtol=rtol, atol=atol, equal_nan=equal_nan))
  File "C:\Users\hpandya\AppData\Local\Continuum\anaconda3\lib\site-packages\numpy\core\numeric.py", line 2521, in isclose
    xfin = isfinite(x)
TypeError: ufunc 'isfinite' not supported for the input types, and the inputs could not be safely coerced to any supported types according to the casting rule ''safe''

奇怪的是它在我定义 xlabel 的那一行显示错误。我觉得我在这里遗漏了一些微不足道的东西。

Answer 1

默认情况下，bench() 和 show() 方法比较内核输出以确保所有方法产生相同的输出（为了正确性）。检查是使用可能不适用于所有情况或所有内核输出的 numpy 函数完成的。

您要做的是指定一个 equality_check 参数，这样可以灵活地比较输出。这在比较 numpy 无法很好处理的字符串或字典的可迭代对象时特别有用。

如果您确信您的函数是正确的，请将 equality_check 设置为 None，或者传递一些实现您自己的检查逻辑的可调用对象。

out = perfplot.bench(
    ...
    equality_check=lambda x, y: x.equals(y)  # equality_check=None
)

请参阅（滚动到底部）以了解有关如何使用 equality_check 为不同函数计时的更多示例。

Perfplot bench() raises "TypeError: ufunc 'isfinite' not supported for the input types, and the input types"

Perfplot bench() raises "TypeError: ufunc 'isfinite' not supported for the input types, and the input types"

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