当我的 dockerized shiny 应用程序不起作用时如何查找错误日志

Question

我正在尝试将我闪亮的应用程序放入 docker 容器中。我闪亮的应用程序在我的本地计算机上运行良好。但是在 docker 启动我闪亮的应用程序后，我的本地主机上总是有错误消息，例如 The application failed to start. The application exited during initialization.。

我不知道为什么会这样。我是 docker 的新手。当我运行图像 docker 时，如何找到错误日志？我需要日志才能知道出了什么问题。

这是我的码头文件：

# Install R version 3.6
FROM r-base:3.6.0

# Install Ubuntu packages
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    sudo \
    gdebi-core \
    pandoc \
    pandoc-citeproc \
    libcurl4-gnutls-dev \
    libcairo2-dev/unstable \
    libxt-dev \
    libssl-dev

# Download and install ShinyServer (latest version)
RUN wget --no-verbose https://s3.amazonaws.com/rstudio-shiny-server-os-build/ubuntu-12.04/x86_64/VERSION -O "version.txt" && \
    VERSION=$(cat version.txt)  && \
    wget --no-verbose "https://s3.amazonaws.com/rstudio-shiny-server-os-build/ubuntu-12.04/x86_64/shiny-server-$VERSION-amd64.deb" -O ss-latest.deb && \
    gdebi -n ss-latest.deb && \
    rm -f version.txt ss-latest.deb

# Install R packages that are required
# TODO: add further package if you need!
RUN R -e "install.packages(c( 'tidyverse', 'ggplot2','shiny','shinydashboard', 'DT', 'plotly', 'RColorBrewer'), repos='http://cran.rstudio.com/')"
# Copy configuration files into the Docker image
COPY shiny-server.conf  /etc/shiny-server/shiny-server.conf
COPY /app /srv/shiny-server/

# Make the ShinyApp available at port 80
EXPOSE 80

# Copy further configuration files into the Docker image
COPY shiny-server.sh /usr/bin/shiny-server.sh

CMD ["/usr/bin/shiny-server.sh"]

我构建了图像并且运行如下所示：

docker build -t myshinyapp .
docker run -p 80:80 myshinyapp

Answer 1

通常任何（活的或死的）容器的日志都可以通过以下方式找到：

docker logs full-container-name

或

docker logs CONTAINERID

（替换容器的实际 ID）

如前所述，即使对于已停止（尚未删除）的容器，这通常也能正常工作，您可以列出：

docker container ls -a

或者只是

docker ps -a

但是，有时您甚至没有日志，因为根本没有创建容器（根据经验，我认为这更适合您的情况）

这可能只是因为 docker 引擎无法分配您的服务定义要求可用的所有资源。

The application failed to start. The application exited during initialization

通常反映您的 docker 引擎无法获得所需的资源。

最常见的情况就是您的主机端口:

如果您有其他服务（docker化或未化）使用（例如）您要用于服务的端口（在您的情况下为端口 80），则 Docker将无法启动您的容器。

所以...简而言之...解决这种情况的最简单方法（也是您遇到此类问题时的第一次尝试）就是绑定主机的任何其他端口（例如：8080), 到您的服务将在内部（在您的容器内）侦听的那个 80 端口：

docker run -p 8080:80 myshinyapp

同样的原则适用于不可分配的卷（例如：尝试将一个卷绑定为主机中实际上不存在的read-only）

顺便说一句comment/trick：

由于您没有为容器设置名称，因此在查找其日志时需要使用容器 ID。

但不用输入（或 copy-pasting）完整的容器 ID（通常类似于：1283c66babea 甚至更大），您可以只输入几个前几位数字，它仍然会按预期工作：

docker logs 1283c6 或 docker logs 1283 甚至 docker logs 128

（当然...只要你没有其他128*****容器）

当我的 dockerized shiny 应用程序不起作用时如何查找错误日志

How to find error logs when my dockerized shiny app does not work

r

shiny

docker

shiny-server