我如何计算张量流中的马修斯相关系数

Question

所以我用 tensorflow keras 做了一个模型，它似乎工作正常。但是，我的主管说计算 Matthews 相关系数以及它已经计算出的准确性和损失会很有用。

我的模型与此处教程 (https://www.tensorflow.org/tutorials/keras/basic_classification) 中的代码非常相似，只是数据集小得多。

是否有预建函数，或者我是否必须获得每个测试的预测并手动计算？

Answer 1

没有开箱即用的东西，但我们可以从自定义指标中的公式计算出来。

您提供的基本分类 link 用于 multi-class 分类问题，而马修斯相关系数专门用于二元分类问题。

假设您的模型针对此类问题以 "normal" 方式构建（即 y_pred 是一个介于 0 和 1 之间的数字，代表每个记录的 "True" 和标签的预测概率每个都恰好是 0 或 1 分别代表基本事实 "False" 和 "True"）然后我们可以按如下方式添加 MCC 指标：

# if y_pred > threshold we predict true. 
# Sometimes we set this to something different to 0.5 if we have unbalanced categories

threshold = 0.5  

def mcc_metric(y_true, y_pred):
  predicted = tf.cast(tf.greater(y_pred, threshold), tf.float32)
  true_pos = tf.math.count_nonzero(predicted * y_true)
  true_neg = tf.math.count_nonzero((predicted - 1) * (y_true - 1))
  false_pos = tf.math.count_nonzero(predicted * (y_true - 1))
  false_neg = tf.math.count_nonzero((predicted - 1) * y_true)
  x = tf.cast((true_pos + false_pos) * (true_pos + false_neg) 
      * (true_neg + false_pos) * (true_neg + false_neg), tf.float32)
  return tf.cast((true_pos * true_neg) - (false_pos * false_neg), tf.float32) / tf.sqrt(x)

我们可以将其包含在我们的 model.compile 调用中：

model.compile(optimizer='adam',
              loss=tf.keras.losses.binary_crossentropy,
              metrics=['accuracy', mcc_metric])

例子

这是一个完整的工作示例，我们根据它们是否大于 4 对 mnist 数字进行分类：

mnist = tf.keras.datasets.mnist

(x_train, y_train), (x_test, y_test) = mnist.load_data()
x_train, x_test = x_train / 255.0, x_test / 255.0
y_train, y_test = 0 + (y_train > 4), 0 + (y_test > 4)

def mcc_metric(y_true, y_pred):
  predicted = tf.cast(tf.greater(y_pred, 0.5), tf.float32)
  true_pos = tf.math.count_nonzero(predicted * y_true)
  true_neg = tf.math.count_nonzero((predicted - 1) * (y_true - 1))
  false_pos = tf.math.count_nonzero(predicted * (y_true - 1))
  false_neg = tf.math.count_nonzero((predicted - 1) * y_true)
  x = tf.cast((true_pos + false_pos) * (true_pos + false_neg) 
      * (true_neg + false_pos) * (true_neg + false_neg), tf.float32)
  return tf.cast((true_pos * true_neg) - (false_pos * false_neg), tf.float32) / tf.sqrt(x)

model = tf.keras.models.Sequential([
  tf.keras.layers.Flatten(input_shape=(28, 28)),
  tf.keras.layers.Dense(128, activation='relu'),
  tf.keras.layers.Dropout(0.2),
  tf.keras.layers.Dense(10, activation='relu'),
  tf.keras.layers.Dense(1, activation='sigmoid')
])

model.compile(optimizer='adam',
              loss=tf.keras.losses.binary_crossentropy,
              metrics=['accuracy', mcc_metric])

model.fit(x_train, y_train, epochs=5)
model.evaluate(x_test, y_test)

输出：

Epoch 1/5
60000/60000 [==============================] - 7s 113us/sample - loss: 0.1391 - acc: 0.9483 - mcc_metric: 0.8972
Epoch 2/5
60000/60000 [==============================] - 6s 96us/sample - loss: 0.0722 - acc: 0.9747 - mcc_metric: 0.9495
Epoch 3/5
60000/60000 [==============================] - 6s 97us/sample - loss: 0.0576 - acc: 0.9797 - mcc_metric: 0.9594
Epoch 4/5
60000/60000 [==============================] - 6s 96us/sample - loss: 0.0479 - acc: 0.9837 - mcc_metric: 0.9674
Epoch 5/5
60000/60000 [==============================] - 6s 95us/sample - loss: 0.0423 - acc: 0.9852 - mcc_metric: 0.9704
10000/10000 [==============================] - 1s 58us/sample - loss: 0.0582 - acc: 0.9818 - mcc_metric: 0.9639
[0.05817381642502733, 0.9818, 0.9638971]

Answer 2

用于计算 matthews 相关系数的预建函数

sklearn.metrics.matthews_corrcoef(y_true, y_pred, sample_weight=None )

示例：

> from sklearn.metrics import matthews_corrcoef
> y_true = [+1, +1, +1, -1]
> y_pred = [+1, -1, +1, +1]
> matthews_corrcoef(y_true, y_pred)

参见documentation。

Answer 3

由于提问者接受了来自 sklearn 的 Python 版本，这里是 Stewart_Rs 纯 Python 的答案：

from math import sqrt
def mcc(tp, fp, tn, fn):

    # 
    x = (tp + fp) * (tp + fn) * (tn + fp) * (tn + fn)
    return ((tp * tn) - (fp * fn)) / sqrt(x)

它具有通用性的优点，而不仅仅是评估二元分类。

Answer 4

问题的其他答案（即 Keras/Tensorflow MCC 的实现）在需要二进制分类和单个输出列的意义上是有限的。如果您的设置不是这种情况，该函数会毫无错误地为您提供错误的 MCC 值。

当然，可以为multi-class和multi-column输出计算MCC。 Keras (Tensorflow) MCC 的通用自定义度量函数如下。

import tensorflow as tf
from keras import backend as K

def keras_calculate_mcc_from_conf(confusion_m):
    """tensor version of MCC calculation from confusion matrix"""
    # as in Gorodkin (2004)
    N = K.sum(confusion_m)
    up = N * tf.linalg.trace(confusion_m) - K.sum(tf.matmul(confusion_m, confusion_m))
    down_left = K.sqrt(N ** 2 - K.sum(tf.matmul(confusion_m, K.transpose(confusion_m))))
    down_right = K.sqrt(N ** 2 - K.sum(tf.matmul(K.transpose(confusion_m), confusion_m)))
    mcc_val = up / (down_left * down_right + K.epsilon())
    return mcc_val


def keras_better_to_categorical(y_pred_in):
    """tensor version of to_categorical"""
    nclass = K.shape(y_pred_in)[1]
    y_pred_argmax = K.argmax(y_pred_in, axis=1)
    y_pred = tf.one_hot(tf.cast(y_pred_argmax, tf.int32), depth=nclass)
    y_pred = tf.cast(y_pred, tf.float32)
    return y_pred


def mcc(y_true, y_pred):
    """To calculate Matthew's correlation coefficient for multi-class classification"""
    # this is necessary to make y_pred values of 0 or 1 because
    # y_pred may contain other value (e.g., 0.6890)
    y_pred = keras_better_to_categorical(y_pred)

    # now it's straightforward to calculate confusion matrix and MCC
    confusion_m = tf.matmul(K.transpose(y_true), y_pred)
    return keras_calculate_mcc_from_conf(confusion_m)


# test mcc
actuals = tf.constant([[1.0, 0], [1.0, 0], [0, 1.0], [1.0, 0]], dtype=tf.float32)
preds = tf.constant([[1.0, 0], [0, 1.0], [0, 1.0], [1.0, 0]], dtype=tf.float32)
mcc_val = mcc(actuals, preds)
print(K.eval(mcc_val))

另请注意，由于每批大小的度量计算，迭代期间从 Keras 打印的 MCC 值将不正确。您只能在拟合后通过调用“评估”或“评分”来信任 MCC 值。这是因为与其他指标不同，整个样本的 MCC 不是部分的 sum/average。例如，如果您的批量大小为 1，则在迭代期间打印的 MCC 将为零。

我如何计算张量流中的马修斯相关系数

How do I calculate the matthews correlation coefficient in tensorflow

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