ggplot2 PDF 条形图有白线，需要大量放大和外观差异。在幻灯片上

Question

我正在尝试在 ggplot2 中绘制多个样本的堆积条形图；然而，当我绘制数据图表时，PDF 在每个条形图上都布满了白线。

下面是一些示例代码，您可以看到我的数据是什么样子的：

Expt <- as.data.frame(round(replicate(10, runif(10, 0, 5)), 3))
colnames(Expt) <- c("S_3", "S_5", "S_12", "S_22", "S_25", "S_27", "S_33", "S_52", "S_100", "S_101")
Expt$Phyla <- c("Proteobacteria", "Firmicutes", "Actinobacteria", "Bacteroidetes", "Verrucomicrobia", "Planctomycetes", "Cyanobacteria", "Chlamydiae", "Chloroflexi", "Deinococcus")
colors <- c("navajowhite4", "dodgerblue", "cyan", "orange", "lawngreen", "burlywood1", "black", "pink", "slateblue2", "hotpink")

library(reshape2)
Expt_melt <- melt(Expt, id.vars = "Phyla")
colnames(Expt_melt)[2:3] <- c("Sample", "Abund")

library(ggplot2)
ggplot() + geom_bar(aes(x = Sample, y = Abund, fill =     Phyla), data = Expt_melt, stat = 'identity') + scale_fill_manual(values = colors)

此代码生成漂亮的堆叠条形图；然而，我的数据有超过 6000 行和更多的样本，我在 return 中获得的实际图像看起来不同。在我使用的媒体上。

关于为什么会发生这种情况的任何想法？当我将它插入普通的 powerpoint 幻灯片 w/out 它看起来充满内部白线时，我需要能够使用 PDF 缩放 150% 的图表。更不用说，最终，这些图表将被发布，我无法提交仅放大 150% 时看起来正确的 PDF。

调查白线问题，我发现这个 link 可以去除内部条线：并按照他们的代码，我使用以下代码绘制了数据图表：

ggplot(Expt_melt, aes(x= Sample, y=  Abund, fill = Phylum)) + stat_summary(fun.y = sum, geom = "bar") + scale_fill_manual(values = colors)

这产生了下图：

如您所见，这完全删除了我所有的顶部栏 - 这是我的 Phyla (Expt_melt$Phyla)，具有较低的 Expt_melt$Abund 值。更不用说，这张图必须放大200%才能看到'normal'。

有什么建议吗？关于为什么这些图表表现出这种行为的任何想法？

谢谢！

Answer 1

ggplot 中条形的默认宽度为 0.9（在分类轴上，每个级别的宽度为 1），因此默认情况下条形之间存在间隙。您可能想尝试设置 width = 1:

ggplot() + 
    geom_bar(aes(x = Sample, y = Abund, fill =     Phyla), 
             data = Expt_melt, stat = 'identity', 
             width = 1) + 
    scale_fill_manual(values = colors)

ggplot2 PDF 条形图有白线，需要大量放大和外观差异。在幻灯片上

ggplot2 PDF barplot have white lines, require extensive zoom-ins and look diff. on PowerPoint

graphics

r

ggplot2

geom-bar