如何使用 pandas 访问 hdf5 中的嵌套表

Question

我想使用 pandas 从 HDF5 文件中检索 table。

根据我发现的几个参考资料，我尝试使用以下方式打开文件：

df = pd.read_hdf('data/test.h5', g_name),

其中 g_name 是我要检索的对象的路径，即 table TAB1，例如 MAIN/Basic/Tables/TAB1.

g_name检索如下：

def get_all(name):
    if 'TAB1' in name:
        return name

with h5py.File('data/test.h5') as f:
    g_name = f.visit(get_all)
    print(g_name)
    group = f[g_name]
    print(type(group))

我也试过检索对象本身，如上面的代码片段所示，但对象类型是我如何将其转换为我可以在 pandas 中读取为数据框的内容？

对于第一种情况，我得到以下错误： "cannot create a storer if the object is not existing "

我不明白为什么找不到对象，如果路径与搜索过程中检索到的路径相同。

Answer 1

我找到了以下解决方案：

hf = h5py.File('data/test.h5')
data = hf.get('MAIN/Basic/Tables/TAB1')
result = data[()]

# This last step just converts the table into a pandas df
df = pd.DataFrame(result)

如何使用 pandas 访问 hdf5 中的嵌套表

How to access nested tables in hdf5 with pandas

hdf5

pandas