子工作流和 includes 指令之间的实际区别是什么？ [蛇形]

Question

另一方面，在 Snakemake 文档中，如果您开发依赖于其输出的规则，includes directive can incorporate all of the rules of another workflow into the main workflow and apparently can show up in snakemake --dag -n | dot -Tsvg > dag.svg. Sub-workflows 可以在主工作流之前执行。

我的问题是：这两者到底有何不同？现在，我正在处理一个工作流，似乎我可以只使用 includes 并将输出的名称放在主工作流的 rule all 中。我什至可以将输出放在主工作流规则的 input 中，使 includes 工作流在该规则之前执行。此外，无论出于何种原因，我都无法想象包含子工作流的 DAG。子工作流提供了哪些 includes 指令不能做的事情？

Answer 1

我从未使用过子工作流，但在这种情况下，使用它们可能比 include 指令更方便。（理论上，我认为你不需要 include 和 subworkflow 因为你可以把所有东西都写在一个巨大的 Snakefile 中，重点更多的是方便。）

假设您正在编写一个工作流，该工作流依赖于已发表作品（或您之前的项目）的结果文件。作者没有制作 public 您需要的文件，但他们提供了一个 snakemake 工作流程来生成它们。他们的 snakemake 工作流程可能非常复杂，您需要的文件可能只是中间步骤。因此，您无需理解所有工作流程并将其解析为您自己的 include 指令，而是使用 subworkflow 生成所需的文件。例如：

subworkflow jones_etal:
    workdir:
        "./jones_etal"
    snakefile:
        "./jones_etal/Snakefile"

rule all:
    input:
        'my_results.txt',

rule one:
    input:
        jones_etal('from_jones.txt'),
    output:
        'my_results.txt',
    ...

Answer 2

include 没有 "incorporate another workflow"。它只是添加来自另一个文件的规则，就像您使用 copy/paste 添加它们一样（有一点不同，即 include 不会影响您的目标规则）。 subworkflow 有一组独立的规则，这些规则协同工作以生成此子工作流的最终目标文件。因此它结构良好，与主工作流和其他子工作流隔离。

无论如何，我个人的经验表明，Snakemake 中存在一些错误，使得使用子工作流非常困难。包含该文件非常简单易行。

子工作流和 includes 指令之间的实际区别是什么？ [蛇形]

What is the practical difference between a sub-workflow and the includes directive? [Snakemake]

workflow

snakemake