R Markdown：无法访问通过 Conda/Anaconda 安装的 Bash 命令
R Markdown: Can't access Bash command installed through Conda/Anaconda
我正在探索一些生物信息学数据，我喜欢尽可能使用 R 笔记本（即 Rmarkdown）。现在，我需要使用命令行工具来分析 VCF 文件，我想通过 Rmarkdown 笔记本中的 Bash 代码块来完成。
问题是我要使用的命令是通过 conda 安装到我的 conda 环境中的。该工具是 bcftools。当我尝试访问此命令时，出现此错误（代码块被注释掉以显示 rmarkdown 代码块格式）：
#```{bash}
bcftools view -H test.vcf.gz
#```
/var/folders/9l/phf62p1s0cxgnzp4hgl7hy8h0000gn/T/RtmplzEvEh/chunk-code-6869322acde0.txt: line 3: bcftools: command not found
而如果我从终端 运行，我得到输出（使用名为 "binfo" 的 conda 环境）：
> bcftools view -H test.vcf.gz | head -n 3
chr10 78484538 . A C . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024109 GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:34:33:0:0%:0,33,0,0 0/1:.:23:19:4:17.39%:1,18,0,4
chr12 4333138 . G T . PASS DP=119;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034921 GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:72:71:1:1.39%:71,0,1,0 0/1:.:47:42:5:10.64%:42,0,5,0
chr15 75086860 . C T . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013095 GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:15:15:0:0%:4,11,0,0 0/1:.:13:8:5:38.46%:5,3,1,4
(binfo)
那么，如何从 R notebook/Rmarkdown bash 代码块访问随 conda/in 我的 conda env 安装的工具？我搜索了很长时间，但找不到任何人在 Rmarkdown 的 shell 块中谈论 运行ning conda 命令。任何帮助将不胜感激，因为我喜欢用于探索性分析的 R 笔记本格式。
bash 的快速解决方案：将以下初始化脚本添加到 Bash 脚本中。
eval "$(command conda 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
# you may need to activate the "base" environment explicitly
conda activate base
详情
当您打开终端时，会生成一个交互式 shell。但是你的脚本是 运行 中的非交互式 shell。 Bash 配置文件 ~/.bashrc 将不会用于脚本，它会跳过 conda 初始化并且您的 "base" 环境不会暴露到 PATH.
参考资料
向引擎传递参数
如果您的 Conda 是 properly configured to work in bash，那么您可以使用 engine.opts 告诉 bash 以登录模式启动（即，获取您的 .bash_profile（Mac) 或 .bashrc (Linux)):
bash
```{bash engine.opts='-l'}
bcftools view -H test.vcf.gz
```
zsh
如果使用 zsh（例如，Mac OS 10.15 Catalina 用户），那么交互式标志 --interactive|-i 就是您想要的（来源：@Leo)。
```{zsh engine.opts='-i'}
bcftools view -H test.vcf.gz
```
同样，这假定您之前已经 运行 conda init zsh 将 Conda 设置为与 shell.
一起使用
重现性注意事项
由于可重复性通常是科学工作中的一个关注点，我将补充一点，您可能想要做一些事情来捕获您的 Conda 环境的状态。例如，如果您在版本控制中工作，则提交 conda env export > environment.yaml。另一种选择是直接在 Rmd 的末尾输出该信息，就像通常使用 sessionInfo() 所做的一样。也就是说，
```{bash engine.opts='-l', comment=NA}
conda env export
```
其中 comment=NA 是为了可以从渲染版本中干净地复制输出。
我正在探索一些生物信息学数据，我喜欢尽可能使用 R 笔记本（即 Rmarkdown）。现在，我需要使用命令行工具来分析 VCF 文件，我想通过 Rmarkdown 笔记本中的 Bash 代码块来完成。
问题是我要使用的命令是通过 conda 安装到我的 conda 环境中的。该工具是 bcftools。当我尝试访问此命令时，出现此错误（代码块被注释掉以显示 rmarkdown 代码块格式）：
#```{bash}
bcftools view -H test.vcf.gz
#```
/var/folders/9l/phf62p1s0cxgnzp4hgl7hy8h0000gn/T/RtmplzEvEh/chunk-code-6869322acde0.txt: line 3: bcftools: command not found
而如果我从终端 运行，我得到输出（使用名为 "binfo" 的 conda 环境）：
> bcftools view -H test.vcf.gz | head -n 3
chr10 78484538 . A C . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024109 GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:34:33:0:0%:0,33,0,0 0/1:.:23:19:4:17.39%:1,18,0,4
chr12 4333138 . G T . PASS DP=119;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034921 GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:72:71:1:1.39%:71,0,1,0 0/1:.:47:42:5:10.64%:42,0,5,0
chr15 75086860 . C T . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013095 GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:15:15:0:0%:4,11,0,0 0/1:.:13:8:5:38.46%:5,3,1,4
(binfo)
那么，如何从 R notebook/Rmarkdown bash 代码块访问随 conda/in 我的 conda env 安装的工具？我搜索了很长时间，但找不到任何人在 Rmarkdown 的 shell 块中谈论 运行ning conda 命令。任何帮助将不胜感激，因为我喜欢用于探索性分析的 R 笔记本格式。
bash 的快速解决方案：将以下初始化脚本添加到 Bash 脚本中。
eval "$(command conda 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
# you may need to activate the "base" environment explicitly
conda activate base
详情
当您打开终端时，会生成一个交互式 shell。但是你的脚本是 运行 中的非交互式 shell。 Bash 配置文件 ~/.bashrc 将不会用于脚本，它会跳过 conda 初始化并且您的 "base" 环境不会暴露到 PATH.
参考资料
向引擎传递参数
如果您的 Conda 是 properly configured to work in bash，那么您可以使用 engine.opts 告诉 bash 以登录模式启动（即，获取您的 .bash_profile（Mac) 或 .bashrc (Linux)):
bash
```{bash engine.opts='-l'}
bcftools view -H test.vcf.gz
```
zsh
如果使用 zsh（例如，Mac OS 10.15 Catalina 用户），那么交互式标志 --interactive|-i 就是您想要的（来源：@Leo)。
```{zsh engine.opts='-i'}
bcftools view -H test.vcf.gz
```
同样，这假定您之前已经 运行 conda init zsh 将 Conda 设置为与 shell.
重现性注意事项
由于可重复性通常是科学工作中的一个关注点，我将补充一点，您可能想要做一些事情来捕获您的 Conda 环境的状态。例如，如果您在版本控制中工作，则提交 conda env export > environment.yaml。另一种选择是直接在 Rmd 的末尾输出该信息，就像通常使用 sessionInfo() 所做的一样。也就是说，
```{bash engine.opts='-l', comment=NA}
conda env export
```
其中 comment=NA 是为了可以从渲染版本中干净地复制输出。