如何根据节点所属的组为节点动态着色？

Question

所以，我们开始吧。我有一个包含多个节点的网络。每个节点可能属于不同的组（见下面我的想法）。

这是一个玩具示例，带有边列表：

"from","to"
"RB1","CDK2"
"CDK2","CDKN1B"
"RB1","CDK4"
"PDPK1","RPS6KB1"
"PDPK1","PKN2"
"CDKN1B","CDK4"
"PKN2","CDK4"

和一个节点 table 只有一组（stat 列）：

name,stat
RB1,mixed
CDK2,up
CDKN1B,up
CDK4,up
PDPK1,up
RPS6KB1,up
PKN2,down

然后是生成具有属性 stat 的网络的代码，当前用于对节点进行颜色编码，据此 stat 用户选择：

library(tidyverse)
library(igraph)
library(visNetwork)

edgelist  <- read.csv("edges_mod.csv")
nodes <- read.csv("nodes_mod.csv")

g <- graph_from_data_frame(edgelist,directed=F,vertices=nodes)

V(g)$color  <- ifelse(V(g)$stat == "up", "red",ifelse(V(g)$stat == "down","blue","yellow"))

data <- toVisNetworkData(g)


visNetwork(nodes=data$nodes, edges=data$edges, width="100%") %>%
    visEdges(color="black") %>%
    visIgraphLayout(layout="layout_with_kk") %>%
    visOptions(selectedBy= "stat")

这里的问题是：如果一个节点可能属于几个stats怎么办？我在这里看到两个主要选项：

我可以创建与上面相同的数据框，但具有多个 stat 列，并根据所选列对节点进行颜色编码。我正在考虑 [0-1] 列，其中属于 set 的节点标记为 1 并且将在网络中着色（或打开），而节点不属于那个 set 将被标记为 0（并且将被关闭）。

name,statZero,statOne,statTwo
RB1,1,1,0
CDK2,1,1,0
CDKN1B,1,0,0
CDK4,1,1,0
PDPK1,1,1,1
RPS6KB1,0,0,0
PKN2,1,0,0

或者，我可以使用包含 sets 列表的 stat 列创建与上面相同的数据框，但我没有真正了解它是如何工作的

关于如何对属于不同集的节点进行颜色编码的想法？我该如何处理这个选项 visOptions(selectedBy= "stat")?

编辑：

我知道 visOption 对 selectedBy 有几种可能性。我正在尝试了解它如何满足我的需求！

Answer 1

请查看 visOptions、参数 selectedBy 并设置 multiple=TRUE。

所以我在你的节点上添加了另一个属性作为集群

设节点为：

name,stat,cluster
RB1,mixed,alpha
CDK2,up,alpha
CDKN1B,up,alpha
CDK4,up,beta
PDPK1,up,beta
RPS6KB1,up,beta
PKN2,down,alpha

和你定义的边，

然后：

library(tidyverse)
library(igraph)
library(visNetwork)

edgelist  <- read.csv("edge.csv")
nodes <- read.csv("node.csv")

g <- graph_from_data_frame(edgelist,directed=F,vertices=nodes)

V(g)$color  <- ifelse(V(g)$stat == "up", "red",ifelse(V(g)$stat == "down","blue","yellow"))
V(g)$groups <- paste(V(g)$stat, V(g)$cluster, sep=",")

data <- toVisNetworkData(g)


visNetwork(nodes=data$nodes, edges=data$edges, width="100%") %>%
    visEdges(color="black") %>%
    visIgraphLayout(layout="layout_with_kk") %>%
    visOptions(selectedBy= list(variable="groups",multiple=T))

这应该重现您想要实现的目标！

如何根据节点所属的组为节点动态着色？

how to dynamically color a node according to the groups it belongs to?

visualization

r

igraph

visnetwork