从 stpm2-object 中提取基线危险

Question

我需要从我使用 rstpm2 包（stata 中 stpm2 模块的转换）构建的一般生存模型 (GSM) 中提取基线危害。

使用rstpm2-package中的数据让我们以此为例：

library(rstpm2)

gsm <- stpm2(Surv(rectime,censrec==1)~hormon, data=brcancer, df=3)

sum.gsm <- summary(gsm)

所以我注意到摘要中有一个名为 bhazard 的元素：

sum.gsm@args$bhazard

然而，它似乎充满了零，并且每个患者都有一个值。据我了解，基线危害应该包括数据中每个时间点的一种危害。

有没有人有任何可以提供帮助的经验

Answer 1

您可以使用 plot 和 lines 方法绘制生存图和许多其他预测。例如：

plot(gsm, newdata=data.frame(hormon=0))

Plot

请注意，您需要指定 newdata 参数。对于更一般的图，您可以使用 grid 与 full 协变量和标准误差获得时间预测：

out <- predict(gsm,newdata=data.frame(hormon=0:1), grid=TRUE, 
               full=TRUE, se.fit=TRUE)

然后您可以使用 ggplot2 或 lattice 来绘制间隔。例如，

library(ggplot2)
ggplot(out, aes(x=rectime, y=Estimate, ymin=lower, ymax=upper, 
                fill=factor(hormon))) +
    geom_ribbon(alpha=0.6) + geom_line()

Plot

编辑：要预测特定时间的存活率，您可以在 newdata 参数中包含时间：

predict(gsm, newdata=data.frame(hormon=0,rectime=1:365))

（请注意，生存是根据日志（时间）定义的，因此我排除了 rectime=0。）

从 stpm2-object 中提取基线危险

Extracting baseline hazards from stpm2-object

r

survival