我如何 'copy' 在 R-base 映像上使用多阶段构建从第 1 阶段到第 2 阶段安装 R 包？

Question

我正在尝试按照多阶段方法在 R-base 上构建图像。如何将安装的软件包从第一阶段复制到第二阶段？没有别的吗？

当前文件基本上是 'packageless' R-base 版本。所以第一阶段安装的包在'lost'某处。

我认为这与制作和选择正确的目录有关。这对我来说是一个令人困惑的部分，因为我对 dockerizing 应用程序还很陌生。

感谢您的帮助！

在我当前的文件下面：

# Base image
FROM rocker/r-base:latest AS stage1

## install binary, build and dependend packages
RUN apt-get update && apt-get install -y -qq --no-install-recommends --purge \
r-cran-pdftools \
r-cran-dplyr \
r-cran-stringr \
libxml2-dev \
libssl-dev && \
echo "r <- getOption('repos');r['CRAN'] <- 'http://cran.us.r-project.org'; options(repos = r);" > ~/.Rprofile && \
Rscript -e "install.packages(c('AzureStor'))"

##2nd stage, pulling 'fresh' base image
FROM rocker/r-base:latest

#COPY packages from 1st stage
COPY --from=stage1 /usr/local/lib/R/site-library /usr/local/lib/R/site-library

## create directories
RUN mkdir -p /script \

#Copy scripts
COPY /script /script

## Set workdir
WORKDIR /script

Answer 1

在评论中您注意到您想要摆脱任何多余的东西 'weight'。后者通常来自安装开发工具和包。现在 rocker/r-base 图像已经带来了相当多的重量，因为它已经安装了 r-base-devel 及其依赖项。但是，我们可以通过摆脱构建时依赖性，在最终图像中仅包含运行时间依赖性，从而尝试不增加更多权重。 R 包在运行时不需要的构建时依赖项通常是开发文件，例如系统库的头文件，例如在运行时你不需要 libxml2-dev 包。 libxml2 包就足够了。我看到了几种可能的方法。

首先，对于那些需要针对系统库进行编译的包，您可以使用二进制包。我没有检查 AzureStor 的依赖项，但很可能所有必需的 R 包都作为已编译的 Debian 包存在。这些将仅取决于运行时间依赖性，以保持图像尺寸小和构建时间短。您的 Dockerfile 看起来像这样：

FROM rocker/r-base:latest

## install binary, build and dependend packages
RUN apt-get update && apt-get install -y -qq --no-install-recommends --purge \
    r-cran-pdftools \
    r-cran-dplyr \
    r-cran-stringr \
    r-cran-... \
    r-cran-... && \
    Rscript -e "install.packages(c('AzureStor'))" && \
    apt-get clean %% \
    rm -rf /var/lib/apt/lists/* && \
    rm -rf /tmp/*

## create directories
RUN mkdir -p /script 

#Copy scripts
COPY /script /script

## Set workdir
WORKDIR /script

其次，您可以在从源代码安装 R 包之前同时安装构建时依赖项和运行时依赖项，然后删除构建时依赖项，所有这些都在一个命令中：

FROM rocker/r-base:latest

## install binary, build and dependend packages
RUN apt-get update && apt-get install -y -qq --no-install-recommends --purge \
    r-cran-pdftools \
    r-cran-dplyr \
    r-cran-stringr \
    libxml2-dev libxml2 \
    libssl-dev libssl1.1 && \
    Rscript -e "install.packages(c('AzureStor'))" && \
    apt-get purge --yes libxml2-dev libssl-dev && \
    apt-get clean %% \
    rm -rf /var/lib/apt/lists/* && \
    rm -rf /tmp/*


## create directories
RUN mkdir -p /script 

#Copy scripts
COPY /script /script

## Set workdir
WORKDIR /script

最后，您可以使用包含三个阶段的多阶段构建：

添加运行-time 依赖项。
添加构建时依赖项并将包安装到 /usr/local/lib/R/site-library。
使用 1. 作为基础并添加来自 2.

所以像这样：

# Base image
FROM rocker/r-base:latest AS stage1

## install binary, build and dependend packages
RUN apt-get update && apt-get install -y -qq --no-install-recommends --purge \
r-cran-pdftools \
r-cran-dplyr \
r-cran-stringr \
libxml2 \
libssl1.1 && \
apt-get clean %% \
rm -rf /var/lib/apt/lists/* && \
rm -rf /tmp/*

FROM stage1 AS stage2
RUN apt-get update && apt-get install -y -qq --no-install-recommends --purge \
libxml2-dev \
libssl-dev && \
Rscript -e "install.packages(c('AzureStor'))"


FROM stage1

COPY --from=stage2 /usr/local/lib/R/site-library /usr/local/lib/R/site-library

## create directories
RUN mkdir -p /script \

#Copy scripts
COPY /script /script

## Set workdir
WORKDIR /script

第一种和第二种方法我个人都用过。我还没有测试第三种方法，我希望它也能工作。

我如何 'copy' 在 R-base 映像上使用多阶段构建从第 1 阶段到第 2 阶段安装 R 包？

How do I 'copy' installed R-packages from the 1ste stage to 2nd stage using multistage building on a R-base image?

build

multistage

docker

dockerfile

r-package