是否可以对 bigmemory 包中的 big.matrix 个对象进行转置？

Question

我想执行一个非常大的 bigmemory big.matrix B 的转置，以便我可以计算 AB^T。这在大内存中可能吗？更重要的是我怎样才能找到关于这个的文档？在这篇关于 bigmemory 的论文的第 5 页 http://www.stat.yale.edu/~mjk56/temp/bigmemory-vignette.pdf，作者说该包还支持 prod()、colmean()、colsd() 等操作，但我找不到这方面的文档。

Answer 1

该文档在这一点上相当陈旧，而且正在迅速变得越来越陈旧。我是 bigmemory 包的当前开发人员之一。我们已经开始对 bigmemory 包进行大量新更新，以使其更加现代和易于访问。我们希望尽快向 CRAN 发布新的更新版本。

也就是说，转置功能实际上是 bigalgebra 包的一部分。目前，它正在大力发展，我一直致力于扩展功能以包括更简单的功能，如 t。公平警告，您很有可能会发现一两个错误。所以，在这里说了太多之后可能是一个潜在的解决方案。

安装我当前的 bigalgebra

开发分支

library(devtools)
# probably also install dev bigmemory
# install_github("kaneplusplus/bigmemory")
install_github('cdeterman/bigalgebra')

这将为您提供 big.matrix 对象的 t 方法。

library(bigalgebra)
set.seed(123)
bm <- as.big.matrix(matrix(rnorm(25), nrow=5))
bm[]
            [,1]       [,2]       [,3]       [,4]       [,5]
[1,] -0.56047565  1.7150650  1.2240818  1.7869131 -1.0678237
[2,] -0.23017749  0.4609162  0.3598138  0.4978505 -0.2179749
[3,]  1.55870831 -1.2650612  0.4007715 -1.9666172 -1.0260044
[4,]  0.07050839 -0.6868529  0.1106827  0.7013559 -0.7288912
[5,]  0.12928774 -0.4456620 -0.5558411 -0.4727914 -0.6250393

t(bm)[]
           [,1]       [,2]       [,3]        [,4]       [,5]
[1,] -0.5604756 -0.2301775  1.5587083  0.07050839  0.1292877
[2,]  1.7150650  0.4609162 -1.2650612 -0.68685285 -0.4456620
[3,]  1.2240818  0.3598138  0.4007715  0.11068272 -0.5558411
[4,]  1.7869131  0.4978505 -1.9666172  0.70135590 -0.4727914
[5,] -1.0678237 -0.2179749 -1.0260044 -0.72889123 -0.6250393

一个后续点，你似乎对两个矩阵的tcrossprod特别感兴趣。我会牢记这一点，以便在 bigalgebra 包中创建相应的绑定。

是否可以对 bigmemory 包中的 big.matrix 个对象进行转置？

Is it possible to do transpositions of big.matrix objects from the bigmemory package?

r

r-bigmemory