snakemake 扩展无输入文件

Question

我有一些不同的配置，我需要将它们全部组合到运行一个 python 脚本

versions = ['lg', 'sm']
start_time = ['0', '1']
end_time = ['2']

我想要的是 snakemake 为我做这个：

python my_script.py -v lg -s 0 -e 2 > lg_0_2.out
python my_script.py -v lg -s 1 -e 2 > lg_1_2.out
python my_script.py -v sm -s 0 -e 2 > sm_0_2.out
python my_script.py -v sm -s 1 -e 2 > sm_1_2.out

但我似乎无法弄清楚如何在 snakemake 中执行此操作。有什么想法吗？

Answer 1

Snakemake 有 an expand() method 即 shorthand 用于通过外积进行扩展，这就是您描述的操作。通常，这将通过在第一条规则（默认规则）中将输出文件字符串生成为 input，然后提供一个规则（下面的 myrule）来解析此类字符串以生成命令来完成将用于生成输出。在代码中，它会像

Snakefile

versions = ['lg', 'sm']
start_time = ['0', '1']
end_time = ['2']

rule all:
    input:
        expand("{version}_{start}_{end}.out", 
               version=versions, start=start_time, end=end_time)

rule myrule:
    output: "{version,[^_]+}_{start,[0-9]+}_{end,[0-9]+}.out"
    shell:
    """
    python my_script.py -v {wildcards.version} -s {wildcards.start} -e {wildcards.end} > {output}
    """

运行 snakemake 在此 Snakefile 所在的目录中然后将生成所需的文件。

snakemake 扩展无输入文件

snakemake expansion no input files

python

workflow

snakemake