如何在 R 上获取此热图以不规范化我的数据？

Question

我正在尝试在 R 热图上显示一些数据，比较跨细胞周期蛋白类型和 body 部分的表达水平。如果您查看下面的数据，您会发现大脑中细胞周期蛋白 A1 的表达与大脑中细胞周期蛋白 A2 的表达相同。然而，当我们查看热图时，它们显示为不同的颜色。我试过使用 scale 参数按列（默认似乎是行）对数据进行归一化，但这只会导致任何没有方差差异的数据显示为空白（例如，脑细胞周期蛋白 A1 和 A2 将是尽管它们是表情，但显示为白色。

我在下面附上了不同生物体的代码（但使用了相同的代码）- 如何最好地解决这个问题？

 #Anolis carelinensis Cyclin A
    #importing data- Anolis carelinensis
    AnolisA<-read.csv(file.choose(),header=TRUE)
    #all data in the matrix must be numerical 
    #therefore I need to remove the left column
    AnolisA2<-AnolisA[-grep('X', colnames(AnolisA))]
    #converting dataframe to a matrix
    AnolisA3<-as.matrix(AnolisA2)
    #builting the heatmap
    heatmap(AnolisA3)
    #remove dendogram and reordering of columns/rows
    #no scale argument applied because we are interested in the variation 
    #between both organs and cyclin types
    heatmap(AnolisA3, Colv=NA, Rowv=NA)
    #adding axis labels
    heatmap(AnolisA3, Colv=NA, Rowv=NA, xlab="Organ", ylab="Cyclin")
    #creating a vector for column names
    rowname<-c("A1","A2")
    #altering labels
    #labRow- change row names
    rownames(AnolisA3)<-rowname
    #cexCol- alters column text size
    heatmap(AnolisA3, Colv=NA, Rowv=NA, xlab="Organ", ylab="Cyclin",cexCol=1,cexRow=1.5,margins=c(11,4))

Answer 1

您的 scale= 论点是正确的。我认为这就是您要寻找的 scale="none".

library(tidyverse)
df <- tribble(
  ~brain, ~heart, ~kidney, ~liver, ~skeletal,
  1, 0, 0, 0, 0,
  1, 1, 1, 0, 0
)
mat <- as.matrix(df, nrow = 2, ncol = 5)
rownames(mat) <- c("A1", "A2")
heatmap(mat, Colv=NA, Rowv=NA, xlab="Organ", ylab="Cyclin",
        scale = "none", cexCol=1,cexRow=1.5,margins=c(11,4))

^{由 reprex package (v0.3.0)}

于 2019-11-23 创建

如何在 R 上获取此热图以不规范化我的数据？

How do I get this heatmap on R to not normalise my data?

r

normalization

heatmap