应用函数循环遍历 R 中数组的 3 个维度中的 2 个维度

Question

我有一个这种形式的 3D 数组

n_rep<-1000
n_box<-9
pert<-array(,dim=c(9,4,n_rep), dimnames=list(box=LETTERS[1:n_box],perturbation=c('p1','p2','p3','p4'),replicate=1:n_rep))

set.seed(1235)
pert[,1,]<-round(runif(n_rep*n_box,-1,1),0)
pert[,2,]<-round(runif(n_rep*n_box,-2,2),0)
pert[,3,]<-round(runif(n_rep*n_box,-3,3),0)
pert[,4,]<-round(runif(n_rep*n_box,-4,4),0)

我想对数组的每个 "layer" 的每一列应用一个函数（例如 MyFun）。 MyFun 接受一个参数，它是一个由 9 个数字组成的向量（即这里的数组行），它对其进行一些操作。该函数可能类似于：

MyFun<- function(vect=NULL){
        res<-sum(10+vect)
        return(res)
}

所以基本上，我想应用 MyFun 循环遍历 'perturbation' 和 'replicate' 两个维度（即分别为列和第 3 个维度）。如：

MyFun(vect=pert[,1,1])
MyFun(vect=pert[,2,1])
MyFun(vect=pert[,3,1])
MyFun(vect=pert[,4,1])
MyFun(vect=pert[,1,2])
MyFun(vect=pert[,2,2])

等堡

有没有一种方法可以在一次调用中使用 apply 来执行此操作，或者我应该嵌套 2 个 apply 函数（即一个通过列的循环，另一个在第 3 个维度上）？

Answer 1

我们可以使用 apply 并将 MARGIN 指定为 2 和 3

out <- apply(pert, c(2, 3), FUN = MyFun)

也可以用嵌套循环完成

out1 <- t(sapply(seq_len(dim(pert)[2]), function(j) 
       sapply(seq_len(dim(pert)[3]), function(k) MyFun(pert[, j, k]))))
all.equal(out, out1, check.attributes = FALSE)
#[1] TRUE

-正在检查

identical(out[1,1], MyFun(vect=pert[,1,1]))
#[1] TRUE
identical(out[4,1], MyFun(vect=pert[,4,1]))
#[1] TRUE

identical(out[2,2], MyFun(vect=pert[,2,2]))
#[1] TRUE

应用函数循环遍历 R 中数组的 3 个维度中的 2 个维度

apply function cycling through 2 out of 3 dimensions of an array in R

arrays

loops

r

vectorization

apply