当我使用 assignTaxonomy 时 R 会话中止

Question

我已经遇到这个问题一个多星期了，我运行没时间了 patience.This 当我运行我的脚本在 Mac 而当我运行它在 PC 上时（更多 RAM 的结果没有差异，它只是中止得更快）。当我尝试运行我的数据集的这一行时，会话中止。

  set.seed(119)
  tax_PR2 <- assignTaxonomy(seqtab, 
                      "~/Desktop/Documents/Bruts/aeDNA_data_shared/pr2_version_4.11.1_dada2.fasta",
                      multithread=TRUE)

有人知道问题出在哪里吗？我验证了我的数据集（seqtab 目前被 R 认为是 20.2Mb 的 3930724 个元素的大矩阵），我验证了我计算机上的 space，我有运行这个所需的所有包代码行，我为 PR2 尝试了不同来源的基因组数据库（PR2 版本 4.11.1 或 4.12.0 等...），结果始终相同。

如果您有任何想法，我将不胜感激。希望我提供的信息足够了。

已安装的软件包：

   library(BiocManager)
   library(Rcpp)
   library(dada2)
   library(ff)
   library(ggplot)
   library(gridExtra)
   library(phyloseq)
   library(vegan)

Answer 1

这可能是由 1.14 中引入的错误引起的，请在此处查看 Github 问题以获取更多信息：https://github.com/benjjneb/dada2/issues/916

我们刚刚确定了原因，应该很快就会修复。要立即使用，解决方法是关闭多线程，或恢复到之前的版本 1.12。

当我使用 assignTaxonomy 时 R 会话中止

R session abort when I use assignTaxonomy

session

r

abort