如何将碎石图比例设置为与主成分相同？

Question

我使用此命令行制作了一个 Scree 图，其中第一个维度显示了大部分变化。

res.pca <- prcomp(log2(src1+1), scale. = TRUE)
res.pca
plot1 <- fviz_eig(res.pca)
plot1

这里是样本的 SD（36 个样本）：

Standard deviations (1, .., p=36):
 [1] 5.95582467 0.28407652 0.26522238 0.20868660 0.20012316 0.16888365 0.15432002 0.14181776 0.13427364
[10] 0.13116676 0.11774602 0.11533978 0.11221367 0.10495140 0.10142414 0.09890213 0.09604759 0.09339936
[19] 0.09077357 0.08893056 0.08650105 0.08548026 0.08308853 0.08097912 0.07497496 0.07413417 0.07224579
[28] 0.07124431 0.06996434 0.06759544 0.06335228 0.06141117 0.06091347 0.05944077 0.05849182 0.05754510

我的主成分分析图是：

我想知道如何绘制 Scree 图，使 Scree 图的尺寸与 PCA 图的尺寸相同 (e.g. PC1 <- 15.55% and PC2 <- 13.82%)?

Answer 1

您可以这样做，在您的情况下，您需要将有关组的信息绑定到 PC 数据框：

library(ggfortify)
library(ggplot2)
library(patchwork)

set.seed(111)
data = mtcars
# we make up a group here
data$group = sample(letters[1:3],nrow(data),replace=TRUE)

res.pca = prcomp(log2(data[,-ncol(data)]+1))
autoplot(res.pca,data=data,col="group")

然后使用相同的pca制作碎石：

#variance explained
varExp = (100*res.pca$sdev^2)/sum(res.pca$sdev^2)
varDF = data.frame(Dimensions=1:length(varExp),
varExp=varExp)

ggplot(varDF,aes(x=Dimensions,y=varExp)) + geom_point() + 
geom_col(fill="steelblue") + geom_line() + 
theme_bw() + scale_x_continuous(breaks=1:nrow(varDF)) + 
ylim(c(0,100)) + ylab("Perc variance explained")

如何将碎石图比例设置为与主成分相同？

How to set scree plot scale as same as principal components?

plot

r

ggplot2

pca

tidyverse