仅针对显着的拟合绘制 geom_smooth

Question

如何制作 ggplot 图 geom_smooth(method="lm")，但前提是它符合某些条件？例如，如果我只想在斜率具有统计显着性的情况下画线（即来自 lm 拟合的 p 小于 0.01）。

编辑：更新为涉及面的更复杂的示例。我没有从头开始生成数据，而是修改了 diamonds 数据集。

library(ggplot2)
library(data.table)

data(diamonds)

set.seed(777)
d <- data.table(diamonds)
d[color %in% c("D","E"), c("x","y") := list(x + runif(1000, -5, 5),
                                            y + runif(1000, -5, 5))] 
plt <- ggplot(d) + aes(x=x, y=y, color=color) + 
    geom_point() + facet_grid(clarity ~ cut, scales="free")
plt + geom_smooth(method="lm")

我想要的是一种绘制所有线的方法，除了那些没有统计显着斜率的线（即 D 和 E）。

Answer 1

您可以按组计算 p 值，然后 geom_smooth 中的子集（根据评论者）：

# Determine p-values of regression
p.vals = sapply(unique(d$z), function(i) {
  coef(summary(lm(y ~ x, data=d[z==i, ])))[2,4]
})

plt <- ggplot(d) + aes(x=x, y=y, color=z) + geom_point() 

# Select only values of z for which regression p-value is < 0.05   
plt + geom_smooth(data=d[d$z %in% names(p.vals)[p.vals < 0.05],], 
                         aes(x, y, colour=z), method='lm')

更新： 根据您的评论，试试这个，例如：

p1 = ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) +
  geom_point() + facet_grid(am ~ carb)

dat = data.frame(x=1:5, y=26:30, carb=1:5)

p1 + geom_point(data=dat, aes(x,y), colour="red", size=5)

请注意，由于 dat 没有 am 列，因此 ggplot 只是为 am 的每个值在 dat 中绘制相同的值。当然，您可以为 am 添加值并逐个控制绘制的内容。

更新 2： 我认为这会处理分面情况。但是请注意，大多数回归的 p 值都小于 0.05，这可能是因为当您拥有大量数据时，即使是很小的系数也会具有统计显着性。

## Create a list holing the p-values for regressions on each 
## combination of color, cut, and clarity
pvals = lapply(levels(d$color), function(i) {
  lapply(levels(d$cut), function(j) {
    lapply(levels(d$clarity), function(k) {
      if(nrow(d[color==i & cut==j & clarity==k, ]) > 1) {
        data.frame(color=i, cut=j, clarity=k, 
                   p.val=coef(summary(lm(y ~ x, data = d[color==i & cut==j & clarity==k, ])))[2,4])
      }
    })
  })
})

# Flatten pvals to a single list level
pvals = unlist(unlist(pvals, recursive=FALSE), recursive=FALSE)

# Turn pvals into a data frame
pvals = do.call(rbind, pvals)

# Keep only rows with p.val < 0.05
pvals = pvals[pvals$p.val < 0.05, ]

plt <- ggplot(d) + aes(x=x, y=y, color=color) + 
  geom_point() + facet_grid(clarity ~ cut, scales="free")

# Create a subset of data frame d containing only combinations of 
# color, cut, and clarity for which we want to plot regression lines
# (you could subset right in the call to geom_smooth, but I thought this would be more clear)
d.subset = d[color %in% pvals$color & 
               cut %in% pvals$cut & 
               clarity %in% pvals$clarity, ]

# Plot regression lines only for groups in d.subset
plt + geom_smooth(data=d.subset, method="lm")

仅针对显着的拟合绘制 geom_smooth

Draw geom_smooth only for fits that are significant

statistics

r

ggplot2