查找图中所有不存在的连接

Question

我有一个 pandas 数据框 Edges 有两列 Node 1 | 节点 2

      Node1     Node2
 0      A         B
 1      C         B
 2      C         D

这些基本上显示了边缘 (A,B) | （三，乙） | (C,D) 图中

我需要找出的是缺失边缘，即不存在 (A,D) | (B,D) | (A,C)

期望的输出

      Node1     Node2
 0      A         D
 1      A         C
 2      B         D

我尝试了什么：

我将 DataFrame 转换为 networkx 图，然后使用 nx.non_edges 函数达到同样的目的（找到缺失的边）但由于硬件资源不足，networkx 会填满 RAM，导致笔记本电脑崩溃。我正在尝试通过 pandas Dataframe 寻找是否有可能丢失图形的边缘，或者你可以说我需要找到图形的补码。

Answer 1

一种可能的方法如下：

找到节点的所有长度 2 组合
遍历它们
保留G.edges

from itertools import combinations

G = nx.from_pandas_edgelist(df, source='Node1', target='Node2')

edge_non_present = []
edges = set(G.edges())
for possible_edge in combinations(G.nodes(), r=2):
    if possible_edge not in edges:
        edge_non_present.append(possible_edge)

print(edge_non_present)
# [('A', 'C'), ('A', 'D'), ('B', 'D')]

更新

如果这导致大量组合，由于大量节点，取一部分返回的生成器，并且只迭代其中的一个子集：

from itertools import islice

G = nx.from_pandas_edgelist(df, source='Node1', target='Node2')
n_comb = 100

edge_non_present = []
edges = set(G.edges())
for possible_edge in islice(combinations(G.nodes(), r=2), 0, n_comb):
    if possible_edge not in edges:
        edge_non_present.append(possible_edge)

查找图中所有不存在的连接

Find all inexistent connections in graph

python

graph-theory

networkx

pandas