闪亮的下载处理程序不必要的大文件

Question

我正在构建一个 shiny 应用程序，您可以在其中训练模型。一项功能是能够下载模型对象（在本例中为 glm 对象），以便用户稍后可以在应用程序之外使用它。我的代码的相关部分如下所示

library(shiny)
library(car)

ui <- fluidPage(

  # What parameter do you wish to estimate
  selectInput(inputId = "dependent_variable",
              label = "Select dependent variable",
              choices = c("education",
                          "vocabulary")),

  # Download button for model
  downloadButton(outputId = "download_model", label = 'Download Model')
)

server <- function(input, output){

  strip_glm <- function(cm) {
    cm$y <- c()
    cm$model <- c()

    cm$residuals <- c()
    cm$fitted.values <- c()
    cm$effects <- c()
    cm$qr$qr <- c()  
    cm$linear.predictors <- c()
    cm$weights <- c()
    cm$prior.weights <- c()
    cm$data <- c()


    cm$family$variance <- c()
    cm$family$dev.resids <- c()
    cm$family$aic <- c()
    cm$family$validmu <- c()
    cm$family$simulate <- c()
    attr(cm$terms,".Environment") <- c()
    attr(cm$formula,".Environment") <- c()

    return(cm)
  }

  reactive_glm_model <- reactive(glm(paste0(input$dependent_variable, "~."), data = Vocab))
  stripped_glm <- reactive(strip_glm(reactive_glm_model()))
  stripped_glm_summary <- reactive(summary(reactive_glm_model()))

  output$download_model <- downloadHandler(
    filename = function() {
      "report.Rd"
    },
    content = function(file) {

      glm_object <- stripped_glm()
      glm_summary <- stripped_glm_summary()
      save(glm_object, glm_summary, file = file)
    }
  )

}

shinyApp(ui, server)

我使用 strip_glm() 函数，因为我不希望 glm 对象成为 too big and carry unnecessary 东西。它应该只能预测。但是，通过剥离 glm，summary() 不再起作用，因此我也想 return 总结。

所以这是我的问题：如果我下载对象，仍然有一些 'hidden' 对象使文件太大。在这个 reprex 中，它是 16.2 MB，而如果我将相应的对象加载回内存，我发现实际对象的大小要小得多

load("report.Rd")
object.size(glm_object) # 22 kB
object.size(glm_summary) # 2.5 MB

这是怎么回事？在我使用的模型中，我的数据可能有数百万行，导致对象有几个 GB，下载需要很长时间。

更新

好像跟版本或者底层设置有关。在上面的设置中，确实遇到了我使用的问题

platform       x86_64-redhat-linux-gnu     
arch           x86_64                      
os             linux-gnu                   
system         x86_64, linux-gnu           
status                                     
major          3                           
minor          5.2                         
year           2018                        
month          12                          
day            20                          
svn rev        75870                       
language       R                           
version.string R version 3.5.2 (2018-12-20)
nickname       Eggshell Igloo

很遗憾，由于政策限制，我无法更新 R 的版本

更新二

问题似乎与 R 或 shiny 无关，并且在不同平台上无法重现

Answer 1

这里是同事。我们运行使用 RStudio Server 编写此代码，这似乎是导致问题的原因。运行带有 R 本身的 reprex（但仍在使用相同 R 可执行文件的同一台服务器上）绕过 RStudio，解决了这个问题，下载的 R 对象略超过 2 MB。

虽然不知道为什么使用 RStudio 会把事情搞砸。使用的版本是RStudio Server (Pro) 1.2.5001-3

闪亮的下载处理程序不必要的大文件

Shiny downloadhandler unnecessary big file

r

glm

shiny