如何创建显示连续持续时间的行为的光栅图（无刻度）

Question

我需要创建显示基于时间的数据的光栅图。这是我拥有的数据的示例。对于每个参与者，我有他们在一天 24 小时内在不同位置（婴儿床、地板等）度过的时间（开始和偏移）。我想要一种连续显示参与者位置的栅格，而不是滴答声。我该如何着手在 ggplot2 中编写该脚本？

id  onset       offset     location
1   06:00:00.0  06:35:00.0  hichair
1   06:35:00.0  08:00:00.0  carseat
1   08:00:00.0  09:00:00.0  chifurn
1   09:00:00.0  09:45:00.0  cribcradle
1   09:45:00.0  12:00:00.0  gndfl
1   12:00:00.0  12:45:00.0  chifurn
1   12:45:00.0  15:00:00.0  gndfl
1   15:00:00.0  16:00:00.0  chifurn
1   16:00:00.0  17:15:00.0  strowlkr
1   17:15:00.0  18:00:00.0  carseat
1   18:00:00.0  18:30:00.0  hichair
1   18:30:00.0  19:30:00.0  gndfl
1   19:30:00.0  20:00:00.0  adlfurn
1   20:00:00.0  06:00:00.0  cribcradle
2   06:00:00.0  06:30:00.0  cribcradle
2   06:30:00.0  06:45:00.0  adlfurn
2   06:45:00.0  06:55:00.0  adlfurn
2   06:55:00.0  07:45:00.0  gndfl
2   07:45:00.0  07:55:00.0  arms
2   07:55:00.0  08:30:00.0  gndfl
2   08:30:00.0  08:50:00.0  hichair
2   08:50:00.0  09:45:00.0  strowlkr
2   09:45:00.0  10:00:00.0  cribcradle
2   10:00:00.0  11:00:00.0  cribcradle
2   11:00:00.0  11:05:00.0  cribcradle
2   11:05:00.0  11:15:00.0  hichair
2   11:15:00.0  11:35:00.0  infcarry
2   11:35:00.0  12:30:00.0  gndfl
2   12:30:00.0  13:00:00.0  hichair
2   13:00:00.0  13:30:00.0  gndfl
2   13:30:00.0  15:15:00.0  cribcradle
2   15:15:00.0  16:20:00.0  carseat
2   16:20:00.0  18:30:00.0  arms
2   18:30:00.0  18:45:00.0  infcarry
2   18:45:00.0  19:45:00.0  carseat
2   19:45:00.0  20:05:00.0  arms
2   20:05:00.0  06:00:00.0  cribcradle
3   06:00:00.0  07:00:00.0  adlfurn
3   07:00:00.0  07:05:00.0  adlfurn
3   07:05:00.0  07:45:00.0  arms
3   07:45:00.0  08:00:00.0  gndfl
3   08:00:00.0  08:15:00.0  hichair
3   08:15:00.0  08:30:00.0  adlfurn
3   08:30:00.0  08:45:00.0  strowlkr
3   08:45:00.0  09:00:00.0  arms
3   09:00:00.0  11:30:00.0  gndfl
3   11:30:00.0  12:30:00.0  hichair
3   12:30:00.0  15:00:00.0  cribcradle
3   15:00:00.0  15:25:00.0  hichair
3   15:25:00.0  17:00:00.0  gndfl
3   17:00:00.0  17:15:00.0  carseat
3   17:15:00.0  17:30:00.0  hichair
3   17:30:00.0  17:45:00.0  gndfl
3   17:45:00.0  18:05:00.0  carseat
3   18:05:00.0  18:25:00.0  arms
3   18:25:00.0  18:40:00.0  carseat
3   18:40:00.0  19:10:00.0  gndfl
3   19:10:00.0  19:25:00.0  hichair
3   19:25:00.0  19:45:00.0  carseat
3   19:45:00.0  19:50:00.0  arms
3   19:50:00.0  19:55:00.0  adlfurn
3   19:55:00.0  20:05:00.0  arms
3   20:05:00.0  20:10:00.0  adlfurn
3   20:10:00.0  20:15:00.0  arms
3   20:15:00.0  20:20:00.0  adlfurn
3   20:20:00.0  20:25:00.0  arms
3   20:25:00.0  03:30:00.0  cribcradle
3   03:30:00.0  04:00:00.0  arms
3   04:00:00.0  06:00:00.0  adlfurn

这是我想要的一篇已发表文章的示例（但在我的例子中，我会用多种颜色描绘不同的位置）

这是我目前拥有的脚本，它使用位置的开始提供了一个不连贯的时间线。我还需要对图中的时间进行排序，显示从6:00am当前到第二天6:00am的数据。我希望条形是连续的。

感谢您的帮助！！

ggplot(loc_us) +
  geom_raster(aes(x=onset, y=id, fill = location)) +
  coord_equal() + theme_classic() +
  theme(legend.position="bottom") +
  scale_x_discrete(breaks=c("00:00:00.0", "06:00:00.0", "12:00:00.0", "20:00:00.0"))

我的脚本给我的输出照片

Answer 1

通过将 onset 和 offset 转换为日期时间，这可以通过 geom_rect 实现。棘手的部分是转换为日期时间并设置正确的日期。对于日期时间转换，我首先使用 lubridate::hms 转换为句点，然后通过 lubridate::as_datetime 转换为日期时间。其次，由于日期时间转换将 1970 年 1 月 1 日添加为日期，我们必须在第二步中更正日期，即在 00:00:00 和 06:00:00 之间或如果 offset 之间添加一天时间 > onset 时间。

library(ggplot2)
library(dplyr)

loc_us %>% 
  mutate(
    # convert to datetime
    onset = lubridate::as_datetime(lubridate::hms(onset)), 
    offset = lubridate::as_datetime(lubridate::hms(offset)),
    # set correct dates
    onset = case_when(
      onset < lubridate::as_datetime(lubridate::hms("06:00:00")) ~ onset  + lubridate::days(1),
      TRUE ~ onset),
    offset = case_when(
      offset < onset ~ offset + lubridate::days(1),
      TRUE ~ offset)
    ) %>% 
  ggplot() +
  geom_rect(aes(xmin=onset, xmax = offset, ymin=id-.4, ymax = id + .4, fill = location), color = "white") +
  scale_x_datetime(date_labels = "%H:%M") +
  theme_classic() +
  theme(legend.position="bottom")

^{由 reprex package (v0.3.0)}

于 2020-05-25 创建

如何创建显示连续持续时间的行为的光栅图（无刻度）

how to create a raster plot displaying continuous durations of time for behavior (without ticks)

raster

ggplot2