如何在 R 中按组绘制二进制数据和颜色存在

Question

我是 R 初学者，我正在尝试绘制简单的 presence/absence 二进制数据。我到处搜索，但我不知道是否可以用 grouping/metadata 为情节着色。到目前为止，我有一个简单的 ggplot 图，代码如下：

我的数据是这样的：

library(ggplot2)
data <- read.csv("resistance.csv", row.names=1)
data_matrix <- data.matrix(data)
mybinarymap <- heatmap(data_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = c("white","black"))

剧情如下：

但是，我想将方块更改为由基因所属的 'Class' 着色，例如额外数据如下所示：

如果值为 0，将有 white/no 颜色的方块，如果基因存在，方块将被着色，颜色由 'Class' 列决定。任何人都可以帮助或建议其他包裹吗？ UpSetR 似乎没有按照我的要求进行。我假设我将不得不做一些重塑。感谢您的帮助。

Answer 1

您可以在 ggplot2 中完成所有这些工作，并借助 reshape2 的一点帮助将您的数据转换为长格式。在这里，我假设您有一个名为 data 的数据框，它看起来像您的第二个数据图像。我不得不将你的图像通过 OCR 来重新创建你的数据，因为你没有制作可重现的示例，所以它可能不完全准确：

library(ggplot2)
library(reshape2)

ggplot(melt(data), aes(gene, variable, fill = Class, alpha = value)) + 
  geom_tile(colour = "gray50") +
  scale_alpha_identity(guide = "none") +
  coord_equal(expand = 0) +
  theme_bw() +
  theme(panel.grid.major = element_blank(),
        axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))

数据

data <- structure(list(gene = c("aadAl", "aadAS", "aph(3\")-lb", "aph(6)-ld", 
"blaCTX-M-27", "blaOXA-1", "erm(B)", "mdf(A)", "mph(A)", "catAl"
), Class = c("Aminoglycoside", "Aminoglycoside", "Aminoglycoside", 
"Aminoglycoside", "Beta-lactam", "Beta-lactam", "Macrolide", "Macrolide", 
"Macrolide", "Tetracycline"), X598080 = c(1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 
 0L, 1L, 1L, 1L, 0L), X607387 = c(1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 
1L, 0L, 0L), X888048 = c(1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L), X893916 = c(0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L)), class = "data.frame",
row.names = c(NA, -10L))

data
#>           gene          Class X598080 X607387 X888048 X893916
#> 1        aadAl Aminoglycoside       1       1       1       0
#> 2        aadAS Aminoglycoside       0       0       0       1
#> 3   aph(3")-lb Aminoglycoside       1       1       0       0
#> 4    aph(6)-ld Aminoglycoside       1       1       0       0
#> 5  blaCTX-M-27    Beta-lactam       1       1       0       1
#> 6     blaOXA-1    Beta-lactam       0       0       1       0
#> 7       erm(B)      Macrolide       1       0       1       1
#> 8       mdf(A)      Macrolide       1       1       1       1
#> 9       mph(A)      Macrolide       1       0       1       1
#> 10       catAl   Tetracycline       0       0       1       0

^{由 reprex package (v0.3.0)}

于 2020-07-13 创建

如何在 R 中按组绘制二进制数据和颜色存在

How to plot binary data and colour presence by group in R

binary

r

heatmap