覆盖自定义情节的美学

Question

我不确定如何覆盖使用 ggplot 制作的自定义绘图的美学属性。我现在能想到的唯一方法是使用 grid 包的功能，尽管它确实很老套。也许有更简单的方法，比如使用 ggplot2 中的 guides 左右，但我无法让它工作？

下面是一个例子，我只想调整图表中的线宽。当然，我也希望它能在传说中流传下来。因此，下面是我使用 grid 的步骤，但非常感谢任何更简单的解决方案（如果可能的话，最好不需要 grid 但只需要 ggplot2）。

library(iNEXT)
library(ggplot2)
library(grid)

# Some custom plot from the iNEXT package
data(spider)
out <- iNEXT(spider, q=0, datatype="abundance")

custom_plot <- ggiNEXT(out)
custom_plot

# Get the grobs
g <- grid.force(ggplotGrob(custom_plot))

# Check the list of names of grobs:
# grid.ls(g) 
# View(g$grobs)

# Get an idea about the grob paths
gpaths <- paste(gsub(pattern = "layout::", 
                     replacement = "", 
                     x = grid.ls(g, print = FALSE)$gPath), 
                grid.ls(g, print = FALSE)$name, 
                sep = "::")
gpaths[grepl("polyline", gpaths)]
#> [1] "panel.7-5-7-5::grill.gTree.114::panel.grid.minor.y..polyline.107"            
#> [2] "panel.7-5-7-5::grill.gTree.114::panel.grid.minor.x..polyline.109"            
#> [3] "panel.7-5-7-5::grill.gTree.114::panel.grid.major.y..polyline.111"            
#> [4] "panel.7-5-7-5::grill.gTree.114::panel.grid.major.x..polyline.113"            
#> [5] "panel.7-5-7-5::GRID.polyline.91"                                             
#> [6] "panel.7-5-7-5::geom_ribbon.gTree.101::geom_ribbon.gTree.95::GRID.polyline.93"
#> [7] "panel.7-5-7-5::geom_ribbon.gTree.101::geom_ribbon.gTree.99::GRID.polyline.97"

# Edit the width of the lines
g <- editGrob(grob = g, 
              gPath = gpaths[grepl("panel.7-5-7-5::GRID.polyline", gpaths)],
              gp = gpar(lwd = c(1,1,1,1)))
plot(g)

^{由 reprex package (v0.3.0)}

于 2020-07-22 创建

Answer 1

我认为你让生活变得过于复杂。这种方法是否能满足您的需求？

生成绘图

plot <- mtcars %>% ggplot() + geom_line(aes(x=mpg, y=cyl, colour=as.factor(gear)))
plot

修改剧情

plot + aes(size=5) + guides(size=FALSE)

guides 调用抑制了 size 的图例。显然，如果您确实希望出现图例，可以将其删除。

更新

回复OP在评论中的问题。我同意：我的建议不会像我预测的那样修改 ggiNEXT 图。

我已经做了一些挖掘。图中的多样性曲线由 ggiNEXT.iNEXT 函数

中的以下语句生成

g <- g + geom_line(aes_string(linetype = "lty"), lwd = 1.5) + ...

我觉得这很奇怪。据我所知，lwd不是ggplot2的审美。（并且 "lty" 不是 linetype 美学的有效值。但是，lty 和 lwd 是 ggplot2 的 linetype 和 size 分别。）

万一 lwd 是一个未记录的功能，我尝试了

custom_plot + aes(lwd=3)

但这没有效果。

然后我将 ggiNEXT.iNEXT 函数的主体复制到我自己的函数中，并将对 geom_line 的调用更改为读取

g <- g + geom_line(aes_string(linetype = "lty"), size = 1.5)

调用我的新函数生成的图（至少在我看来）与原始 ggiNEXT.iNEXT 调用生成的图相同。然后

custom_plot <- myPlot(out)
custom_plot
custom_plot + aes(size=3) + guides(size=FALSE)

产生了预测的变化。所以我最好的建议是 (1) 创建 ggiNEXT.iNEXT 的本地版本，并在需要进行此修改时加载它 [当然，然后您需要确保根据任何更改更新本地副本到“官方”版本] 或 (2) 从头开始创建图形。查看ggiNEXT.iNEXT的源代码，没那么复杂。

这可能值得作为一个问题向 iNEXT 的作者提出。

Answer 2

您要找的答案在“自己画R/E曲线”下 https://cran.r-project.org/web/packages/iNEXT/vignettes/Introduction.html.

幸运的是，包的作者提供了函数 fortify() 以及一些逐字复制的代码，以实现您想要的。

您应该从该部分复制以下内容并更改 geom_line()[=23= 中的 lwd（线宽）参数] 函数调用。

df <- fortify(out, type=1) # Note the type parameter! df.point <- df[which(df$method=="observed"),] df.line <- df[which(df$method!="observed"),] df.line$method <- factor(df.line$method, c("interpolated", "extrapolated"), c("interpolation", "extrapolation")) ggplot(df, aes(x=x, y=y, colour=site)) + geom_point(aes(shape=site), size=5, data=df.point) + geom_line(aes(linetype=method), lwd=1.5, data=df.line) + geom_ribbon(aes(ymin=y.lwr, ymax=y.upr, fill=site, colour=NULL), alpha=0.2) + labs(x="Number of individuals", y="Species diversity") + theme(legend.position = "bottom", legend.title=element_blank(), text=element_text(size=18), legend.box = "vertical")

覆盖自定义情节的美学

Override aesthetics of custom plot

grid

r

ggplot2

inext