使用 ggplot2 绘制多个数据的线图并另存为 pdf

Question

有以下三个不同的数据集，

    mean=replicate(10,rnorm(10))        
    colnames(mean)=paste0(rep(c("x0","x1","x2","x3","x4"),2),"_c", rep(c(1:2), each=5))
    meanpos=replicate(10,rnorm(10))+1.5
    meanneg=replicate(10,rnorm(10))-1.5
    hcol=c(0,0.5,0,0.75,1.0,
           1.1,1.20,0,0.8,-0.025)#vector of size ncol(mean)

我可以使用以下 for 循环创建线图

par(mfrow=c(2,2))
for ( v in 1:ncol(mean)){
  plot(mean[,v], type = "l", 
       ylim = c(min(meanpos[,v],mean[,v]), 
                max(meanpos[,v],mean[,v])), 
       xlab = "sl no", ylab = "",main = colnames(mean)[v])
  abline(h=hcol[v], col="purple")
  lines(meanpos[,v], col="blue")
  lines(meanneg[,v], col="green")
}

每列一个图，轮廓为 2 by 2。这里有一些情节

如何使用 ggplot2 函数创建一个类似的图，每行都有一个图例并保存为 pdf 文件。

感谢任何帮助

Answer 1

如果你想使用 ggplot2 你可以像下一个一样格式化数据。最好将数据从向量保存到数据帧，然后您可以绑定所有数据以重塑形状，并使用分面而不是像您那样使用循环来绘制所需的图。您可以从 facet_wrap() 调整 ncol 参数以定义矩阵结构。这里的代码使用您提供的数据。我还添加了拥有数据框并轻松使用 ggplot2 函数的步骤：

library(tidyverse)
#Initial data
set.seed(123)
#Data
mean=replicate(10,rnorm(10))        
colnames(mean)=paste0(rep(c("x0","x1","x2","x3","x4"),2),"_c", rep(c(1:2), each=5))
meanpos=replicate(10,rnorm(10))+1.5
meanneg=replicate(10,rnorm(10))-1.5
hcol=c(0,0.5,0,0.75,1.0,
       1.1,1.20,0,0.8,-0.025)#vector of size ncol(mean)

我们将数据保存在数据框中并识别所有值：

#Concatenate all in a dataframe
df1 <- as.data.frame(mean) 
#Data for intercepts
hcol=c(0,0.5,0,0.75,1.0,
       1.1,1.20,0,0.8,-0.025)
#Dataframe
dfh <- data.frame(name=names(df1),hcol,stringsAsFactors = F)
#Mean pos
df2 <- as.data.frame(meanpos)
names(df2) <- names(df1)
#Mean neg
df3 <- as.data.frame(meanneg)
names(df3) <- names(df1)
#Assign ids
df1$id <- 'mean'
df2$id <- 'mean pos'
df3$id <- 'mean neg'
#Rows
df1$id2 <- 1:dim(df1)[1]
df2$id2 <- 1:dim(df2)[1]
df3$id2 <- 1:dim(df3)[1]
#Bind
dfm <- rbind(df1,df2,df3)

对于整个数据，我们对其进行重塑以使用分面：

#Pivot
dfm %>% pivot_longer(cols = -c(id,id2)) -> dfm2

现在，剧情：

#Sketch for plot
G1 <- ggplot(dfm2,aes(x=id2,y=value,group=id,color=id))+
  geom_line()+
  geom_hline(data = dfh,aes(yintercept = hcol),color='purple')+
  facet_wrap(.~name,scales='free')+
  xlab("sl no")+ylab("")+
  scale_color_manual(values = c('mean'='tomato','mean pos'='blue','mean neg'='green'))+
  theme_bw()+
  theme(legend.position = 'top')

您可以使用 ggsave():

另存为 .pdf

#Export
ggsave(filename = 'Plot.pdf',plot = G1,width = 35,height = 20,units = 'cm')

输出：

使用 ggplot2 绘制多个数据的线图并另存为 pdf

Line plots for several data using ggplot2 and save as pdf

pdf

r

line

ggplot2