Nextflow 没有使用正确的服务帐户将工作流部署到 kubernetes

Question

我们正在尝试在非默认的 k8s 命名空间上使用 nextflow，我们使用的命名空间是 nextflownamespace。我们已经创建了 PVC 并确保默认服务帐户具有管理员角色绑定。我们收到 nextflow 无法访问 PVC 的错误：

"message": "persistentvolumeclaims \"my-nextflow-pvc\" is forbidden: 
User \"system:serviceaccount:mynamespace:default\" cannot get resource 
\"persistentvolumeclaims\" in API group \"\" in the namespace \"nextflownamespace\"",

在该错误中，我们看到 system:serviceaccount:mynamespace:default 错误地指向我们的默认命名空间 mynamespace，而不是我们为 nextflow 使用而创建的 nextflownamespace。

我们尝试将 debug.yaml = true 添加到我们的 nextflow.config 但找不到它提交给 k8s 以验证错误的 YAML。我们的配置文件如下所示：

profiles {
  standard { 
    k8s {
          executor = "k8s"
          namespace = "nextflownamespace"
          cpus = 1
          memory = 1.GB
          debug.yaml = true
        }
    aws{ 
          endpoint = "https://s3.nautilus.optiputer.net"
       }
  }

我们确实验证了当我们将命名空间更改为另一个任意值时，错误消息使用了新的任意命名空间，但服务帐户名称继续错误地指向用户默认命名空间。

我们已经尝试了我们能想到的 profiles.standard.k8s.serviceAccount = "system:serviceaccount:nextflownamespace:default" 的所有变体，但在这些尝试中没有得到任何改变。

Answer 1

我认为最好避免在 Nextflow 中使用嵌套 config profiles。我会从您的个人资料中删除 'standard' 图层，或者只将 'standard' 设为单独的个人资料：

profiles {

    standard {
      process.executor = 'local'
    }

    k8s {
        executor = "k8s"
        namespace = "nextflownamespace"
        cpus = 1
        memory = 1.GB
        debug.yaml = true
    }

    aws{ 
        endpoint = "https://s3.nautilus.optiputer.net"
    }
}

Nextflow 没有使用正确的服务帐户将工作流部署到 ​​kubernetes

Nextflow doesn't use the right service account to deploy workflows to kubernetes

kubernetes

nextflow

Nextflow 没有使用正确的服务帐户将工作流部署到 kubernetes