knitr 在 ggplots 中渲染缺失的标签
knitr render missing labels in ggplots
我正在将 Snakemake 管道所需的软件容器化。其中包括 R 4.0.2 安装以及 Tidyverse 和一些 Bioconductor 包（全部通过 Conda Forge）。大多数情况下似乎一切正常，但是，一步通过 knitr::render 呈现 .Rmd 文档。文档渲染 运行s 没有错误，但是 HTML 中的 ggplot 图像缺少所有标签：
当我在同一台机器上的 Conda 环境中 运行 这段代码时，它工作正常。我怀疑在需要安装在 Docker 容器中的图像中渲染文本需要一些库。 有没有人遇到过这种情况？是否需要将特定库添加到容器中才能解决此问题？
The container image是public，如果有人想用它来测试的话。
附加信息
Session 信息
这是渲染后的 sessionInfo() 输出 HTML。
## R version 4.0.2 (2020-06-22)
## Platform: x86_64-conda_cos6-linux-gnu (64-bit)
## Running under: Debian GNU/Linux 10 (buster)
##
## Matrix products: default
## BLAS/LAPACK: /opt/conda/lib/libopenblasp-r0.3.10.so
##
## locale:
## [1] LC_CTYPE=C.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=C.UTF-8
## [4] LC_COLLATE=C.UTF-8 LC_MONETARY=C.UTF-8 LC_MESSAGES=C.UTF-8
## [7] LC_PAPER=C.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
## [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=C.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
##
## attached base packages:
## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
##
## other attached packages:
## [1] cowplot_1.1.0 magrittr_1.5 forcats_0.5.0 stringr_1.4.0
## [5] dplyr_1.0.2 purrr_0.3.4 readr_1.3.1 tidyr_1.1.2
## [9] tibble_3.0.3 ggplot2_3.3.2 tidyverse_1.3.0 Matrix_1.2-18
##
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] tidyselect_1.1.0 xfun_0.18 haven_2.3.1 lattice_0.20-41
## [5] colorspace_1.4-1 vctrs_0.3.4 generics_0.0.2 htmltools_0.5.0
## [9] yaml_2.2.1 blob_1.2.1 rlang_0.4.7 pillar_1.4.6
## [13] withr_2.3.0 glue_1.4.2 DBI_1.1.0 dbplyr_1.4.4
## [17] modelr_0.1.8 readxl_1.3.1 lifecycle_0.2.0 munsell_0.5.0
## [21] gtable_0.3.0 cellranger_1.1.0 rvest_0.3.6 evaluate_0.14
## [25] knitr_1.30 fansi_0.4.1 broom_0.7.1 Rcpp_1.0.4.6
## [29] scales_1.1.1 backports_1.1.10 jsonlite_1.7.1 farver_2.0.3
## [33] fs_1.5.0 hms_0.5.3 digest_0.6.25 stringi_1.5.3
## [37] grid_4.0.2 cli_2.0.2 tools_4.0.2 crayon_1.3.4
## [41] pkgconfig_2.0.3 ellipsis_0.3.1 xml2_1.3.2 reprex_0.3.0
## [45] lubridate_1.7.9 assertthat_0.2.1 rmarkdown_2.4 httr_1.4.2
## [49] rstudioapi_0.11 R6_2.4.1 compiler_4.0.2
The GitHub issue @ManavalanGajapathy 在评论中指出的与我所经历的相同。总之，我开始使用的 Miniconda3 (Debian-based) Docker 容器不包含 R 可以在绘图中使用的字体。该线程讨论了在 Docker-level (apt-get) 和 Conda-level.
上安装字体的多个选项
我最终选择的解决方案是将依赖项 fonts-conda-ecosystem 添加到我的 Conda 环境中。现在的最终输出是：
我正在将 Snakemake 管道所需的软件容器化。其中包括 R 4.0.2 安装以及 Tidyverse 和一些 Bioconductor 包（全部通过 Conda Forge）。大多数情况下似乎一切正常，但是，一步通过 knitr::render 呈现 .Rmd 文档。文档渲染 运行s 没有错误，但是 HTML 中的 ggplot 图像缺少所有标签：
当我在同一台机器上的 Conda 环境中 运行 这段代码时，它工作正常。我怀疑在需要安装在 Docker 容器中的图像中渲染文本需要一些库。 有没有人遇到过这种情况？是否需要将特定库添加到容器中才能解决此问题？
The container image是public，如果有人想用它来测试的话。
附加信息
Session 信息
这是渲染后的 sessionInfo() 输出 HTML。
## R version 4.0.2 (2020-06-22)
## Platform: x86_64-conda_cos6-linux-gnu (64-bit)
## Running under: Debian GNU/Linux 10 (buster)
##
## Matrix products: default
## BLAS/LAPACK: /opt/conda/lib/libopenblasp-r0.3.10.so
##
## locale:
## [1] LC_CTYPE=C.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=C.UTF-8
## [4] LC_COLLATE=C.UTF-8 LC_MONETARY=C.UTF-8 LC_MESSAGES=C.UTF-8
## [7] LC_PAPER=C.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
## [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=C.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
##
## attached base packages:
## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
##
## other attached packages:
## [1] cowplot_1.1.0 magrittr_1.5 forcats_0.5.0 stringr_1.4.0
## [5] dplyr_1.0.2 purrr_0.3.4 readr_1.3.1 tidyr_1.1.2
## [9] tibble_3.0.3 ggplot2_3.3.2 tidyverse_1.3.0 Matrix_1.2-18
##
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] tidyselect_1.1.0 xfun_0.18 haven_2.3.1 lattice_0.20-41
## [5] colorspace_1.4-1 vctrs_0.3.4 generics_0.0.2 htmltools_0.5.0
## [9] yaml_2.2.1 blob_1.2.1 rlang_0.4.7 pillar_1.4.6
## [13] withr_2.3.0 glue_1.4.2 DBI_1.1.0 dbplyr_1.4.4
## [17] modelr_0.1.8 readxl_1.3.1 lifecycle_0.2.0 munsell_0.5.0
## [21] gtable_0.3.0 cellranger_1.1.0 rvest_0.3.6 evaluate_0.14
## [25] knitr_1.30 fansi_0.4.1 broom_0.7.1 Rcpp_1.0.4.6
## [29] scales_1.1.1 backports_1.1.10 jsonlite_1.7.1 farver_2.0.3
## [33] fs_1.5.0 hms_0.5.3 digest_0.6.25 stringi_1.5.3
## [37] grid_4.0.2 cli_2.0.2 tools_4.0.2 crayon_1.3.4
## [41] pkgconfig_2.0.3 ellipsis_0.3.1 xml2_1.3.2 reprex_0.3.0
## [45] lubridate_1.7.9 assertthat_0.2.1 rmarkdown_2.4 httr_1.4.2
## [49] rstudioapi_0.11 R6_2.4.1 compiler_4.0.2
The GitHub issue @ManavalanGajapathy 在评论中指出的与我所经历的相同。总之，我开始使用的 Miniconda3 (Debian-based) Docker 容器不包含 R 可以在绘图中使用的字体。该线程讨论了在 Docker-level (apt-get) 和 Conda-level.
上安装字体的多个选项我最终选择的解决方案是将依赖项 fonts-conda-ecosystem 添加到我的 Conda 环境中。现在的最终输出是：