根据热图中的变量调整磁贴大小

Question

我有一个数据框，我为其构建了一个热图，如下所示：

df <- data.frame("CELL1" = c(0.7,0.7,0.5 ), 
             "CELL2" = c(1, 0.4, 0.3), 
             "CELL3" = c(0.7, 0.73, 0.61))
#set rownames
rownames(df) <- c("GENE1", "GENE2", "GENE3")

#plot
heatmap.2(as.matrix(df), scale = "column",Rowv=TRUE, Colv=TRUE, 
          trace = "none",  distfun = dist,
          hclustfun = hclust, 
          margins=c(20,20))

我想更改此热图，使每个图块的大小基于另一个数据框中的数字，具有相同的列名和行名，但值不同。这样，基因 1-cell1 将有一个大块，而基因 1，cell2 将有一个较小的块。如下所示：

#Create df
df2 <- data.frame("CELL1" = c(183,2,19 ), 
                 "CELL2" = c(24, 1.8, 11.1), 
                 "CELL3" = c(18.9, 3.3, 22.9))
rownames(df2) <- c("GENE1", "GENE2", "GENE3")
 
> df2
      CELL1 CELL2 CELL3
GENE1   183  24.0  18.9
GENE2     2   1.8   3.3
GENE3    19  11.1  22.9

我该怎么做？这可能吗？感谢您的帮助！

Answer 1

您的问题很有道理，但是如果您更改图块的大小，它看起来就不再像热图了，例如：

# Load libraries
library(tidyverse)
# Create dataframes
df <- data.frame("Gene" = c("GENE1", "GENE2", "GENE3"),
                 "CELL1" = c(0.7, 0.7, 0.5), 
                 "CELL2" = c(1, 0.4, 0.3), 
                 "CELL3" = c(0.7, 0.73, 0.61))
df2 <- data.frame("Gene" = c("GENE1", "GENE2", "GENE3"),
                  "CELL1" = c(183, 2, 19), 
                  "CELL2" = c(24, 1.8, 11.1), 
                  "CELL3" = c(18.9, 3.3, 22.9))
# Pivot df1 to 'long' format
data <- pivot_longer(data = df, cols = c(CELL1, CELL2, CELL3))
# Pivot df2 to 'long' format and scale values
data2 <- pivot_longer(data = df2, cols = c(CELL1, CELL2, CELL3)) %>%
  mutate(value = log10(value)/1.5)
# Plot "data" using "data2" to set the tile sizes
ggplot(data = data, aes(x = name, y = Gene)) +
  geom_tile(data = data2, aes(fill = value, width = value, height = value)) +
  theme(panel.background = element_blank())

所以我不确定这对你有什么用，但如果这是你想要做的，我会看看是否可以使用 heatmap.2，或者我可以添加树状图等到这个情节，看看它的样子。

根据热图中的变量调整磁贴大小

Resize tile based on variable in Heatmap

r

heatmap

ggplot2

dataframe