如何从情节中删除特定组但情节在 R 中保持不变？

Question

data('iris')
pca.irix <- PCA(iris[ ,1:4])
gg <- factoextra::fviz_pca_biplot(X = pca.irix, 
                             # samples
                             fill.ind = iris$Species, col.ind = 'black',
                             pointshape = 21, pointsize = 1.5,
                             geom.ind = 'point', repel = T,
                             geom.var = FALSE )

我想获得一个与上面的图完全一样的图，但没有 specie setosa。我开始这样做，但不知道如何继续

setosa_wo <- iris %>% 
             filter(Species != 'setosa')

gg + scale_x_continuous(limits = c((-2), 2)) + scale_y_continuous(limits = c((-2), 2))

如何从绘图中删除彩色组？但情节应该保持不变。

Answer 1

从图中删除一个或任意数量的组的一种方法是过滤用于图层的数据，例如查看 gg$layers 表明您的 PCA 图由六层组成，但是只有前两层中的组用作填充颜色。因此，我简单地过滤了这两层的数据，这给了我一个删除了 setosa 的图。

EDIT 按照 @DaveArmstrong 的建议，我添加了他的代码以修复原始范围内的轴范围并添加原始颜色

library(FactoMineR)
library(ggplot2)

pca.irix <- PCA(iris[ ,1:4])

gg <- factoextra::fviz_pca_biplot(X = pca.irix, 
                                  # samples
                                  fill.ind = iris$Species, col.ind = 'black',
                                  pointshape = 21, pointsize = 1.5,
                                  geom.ind = 'point', repel = T,
                                  geom.var = FALSE )

# First: Get the ranges
yrg <- ggplot2::layer_scales(gg)$y$range$range
xrg <- ggplot2::layer_scales(gg)$x$range$range

# Filter the data
gg$layers[[1]]$data <- dplyr::filter(gg$layers[[1]]$data, Fill. != "setosa")
gg$layers[[2]]$data <- dplyr::filter(gg$layers[[2]]$data, Fill. != "setosa")

gg + 
  # Set the limits to the original ones
  ggplot2::coord_cartesian(xlim=xrg, ylim=yrg, expand=FALSE) +
  # Add orignial colors
  ggplot2::scale_fill_manual(values = scales::hue_pal()(3)[2:3])

^{由 reprex package (v0.3.0)}

于 2020-10-16 创建

如何从情节中删除特定组但情节在 R 中保持不变？

How to remove specific group from a plot but plot stays the same in R?

plot

grouping

r

pca