在 R 中查找 data.table 行的模式

Question

我试图在 data.table 的行中查找模式，同时仍然保持行之间的数据链接。这是一个简化的例子：

Row ID Value
1   C  1000
2   A  500
3   T  -200
4   B  5000
5   T  -900
6   A  300

我想在连续的行中搜索 "ATB" 的所有实例，并从值列中输出整数。理想情况下，我也想对实例数量进行分类。输出 table 将如下所示：

String Frequency Value1 Value2 Value 3
ATB      1        500   -200    5000
CAT      1        1000   500    -200

由于 data.table 包似乎面向提供按列或按行的操作，我认为这应该是可能的。但是，我完全不知道从哪里开始。任何正确方向的指示将不胜感激。

谢谢！

Answer 1

library("plyr")
library("stringr")
df <- read.table(header = TRUE, text = "Row ID Value
                 1   C  1000
                 2   A  500
                 3   T  -200
                 4   B  5000
                 5   T  -900
                 6   A  300
                 7   C  200
                 8   A  700
                 9   T  -500")
sought <- c("ATB", "CAT", "NOT")
ids <- paste(df$ID, collapse = "")
ldply(sought, function(id) {
    found <- str_locate_all(ids, id)
      if (nrow(found[[1]])) {
            vals <- outer(found[[1]][,"start"], 0:2, function(x, y) df$Value[x + y])
      } else {
            vals <- as.list(rep(NA, 3))
      }
      data.frame(ID = id, Count = str_count(ids, id),
                 setNames(as.data.frame(vals), paste0("Value", 1:3)))
})

这是使用 stringr 和 plyr 的解决方案。这些 ID 被折叠成一个字符串，找到每个目标的所有实例，然后用相关列构建一个数据框。

在 R 中查找 data.table 行的模式

Finding patterns across rows of data.table in R

r

data.table