在受保护服务器上的 venv 中尝试 运行 snakemake 时出错
Error while trying to run snakemake in a venv on a protected server
对于一个项目,我使用 Python3 创建了一个虚拟环境 (venv)。在激活我的 venv 之后,我使用一个简单的 bash 脚本(见下图)安装了所有必要的依赖项。 (我使用以下方法验证了已安装的软件包:pip3 list
并得出结论,每个依赖项都已成功安装。)
我的项目使用snakemake,所以我运行这个snakemake突击队:
snakemake --snakefile Snakefile.py all
我收到这个错误:
我知道它必须与 venv 做一些事情,因为没有 venv snakemake 运行完美。我已经阅读了 Snakemake 安装文档,它说我必须安装 conda 并制作并激活 conda venv。但是,我没有下载和安装 conda 的 sudo 权限(我在受保护的服务器上工作)。
发生了什么事,有人知道解决办法吗?
一个可能的原因可能是 Python 版本的差异。 pip3
为哪个版本的 Python 准备环境?
从我提供的图片可以看出,语法无效可能是因为 Python 的版本不支持 f-strings。
设想以下两种情况:当您手动 运行 Snakemake 时,您使用最新的 Python3(例如 3.9)。但是如果 pip3
是为旧版本(例如 3.5)配置的,您可以为 Python3.5 配置一个不支持 f-strings 的非常不同的环境。
对于一个项目,我使用 Python3 创建了一个虚拟环境 (venv)。在激活我的 venv 之后,我使用一个简单的 bash 脚本(见下图)安装了所有必要的依赖项。 (我使用以下方法验证了已安装的软件包:pip3 list
并得出结论,每个依赖项都已成功安装。)
我的项目使用snakemake,所以我运行这个snakemake突击队:
snakemake --snakefile Snakefile.py all
我收到这个错误:
我知道它必须与 venv 做一些事情,因为没有 venv snakemake 运行完美。我已经阅读了 Snakemake 安装文档,它说我必须安装 conda 并制作并激活 conda venv。但是,我没有下载和安装 conda 的 sudo 权限(我在受保护的服务器上工作)。
发生了什么事,有人知道解决办法吗?
一个可能的原因可能是 Python 版本的差异。 pip3
为哪个版本的 Python 准备环境?
从我提供的图片可以看出,语法无效可能是因为 Python 的版本不支持 f-strings。
设想以下两种情况:当您手动 运行 Snakemake 时,您使用最新的 Python3(例如 3.9)。但是如果 pip3
是为旧版本(例如 3.5)配置的,您可以为 Python3.5 配置一个不支持 f-strings 的非常不同的环境。