如何构建 Jupyter Notebook 页面以访问远程分子动力学结果?
How to build a Jupyter Notebook page to access remote Molecular Dynamics results?
我想知道是否有可能以及如何在远程某个地方(而不是在我的机器上)托管一个 Jupyter Notebook 页面,以便协作者可以在他们的网络浏览器中加载以查看结果?没有共享机器,所有文件都需要位于一个中央位置,例如托管在 Google Drive 上,并且 Jupyter Notebook 页面也必须基于 URL 可访问。
首先,我已经使用 Gromacs 执行了 MD 模拟,并且这些文件当前位于我机器的本地。然后我在我的机器上加载 Jupyter Notebook,导入 MDAnalysis Python 包并执行一些依赖于 Gromacs (.trr/.xtc/.pdb) 生成的轨迹文件的分析。我还包括一些使用 NGLViewer 的简短模拟轨迹,这样我就可以观察模拟的各个部分。
我面临的问题是我希望我的合作者see/interact 进行分析工作并使用 NGLViewer 观察模拟。
涉及一些挑战:
(1) How/where 我是否可以远程托管 Jupyter Notebook,以便我的协作者可以在浏览器中查看进度 window?我不希望他们进行编辑或 运行 代码,只是观察和复制文本并下载图形。这是为了让我免于打包(例如,作为某种降价文档)增量版本的分析并通过电子邮件发送给他们。
(2) 此远程 Jupyter Notebook 页面中的分析代码(用 Python 编写并使用 MDAnalysis 包)需要什么来加载远程存储在 Google 上的数据文件开车?
(3) 与(2)类似,NGLViewer是否可以加载远程文件,例如存储在Google驱动器上,并在站点上显示轨迹供协作者观察?
虽然我的问题与 python 包有关,例如 MDAnalysis、NGLViewer 和来自第三方应用程序 (Gromacs) 的结果,但我正在寻找一种新的方式将多个项目的结果共享给不同的团队国家,以及我自己的团队,我目前无法亲自会面。
您可以创建一个 Google Drive 文件夹并向其中添加数据。然后与所有需要访问数据的同事共享数据。
最后,创建一个 Google Colab 笔记本并在其中添加代码。您可以选择允许人们编辑和 运行 笔记本,或者只允许他们查看结果。如果您只授予他们读取权限,他们必须将笔记本中的副本保存到自己的 google 驱动器中才能编辑笔记本。
这些选项都可以在 Colab 的菜单栏中找到。
您可以按如下方式将 google 驱动器文件夹连接到 Colab:
from google.colab import drive
drive.mount('/content/drive')
我想知道是否有可能以及如何在远程某个地方(而不是在我的机器上)托管一个 Jupyter Notebook 页面,以便协作者可以在他们的网络浏览器中加载以查看结果?没有共享机器,所有文件都需要位于一个中央位置,例如托管在 Google Drive 上,并且 Jupyter Notebook 页面也必须基于 URL 可访问。
首先,我已经使用 Gromacs 执行了 MD 模拟,并且这些文件当前位于我机器的本地。然后我在我的机器上加载 Jupyter Notebook,导入 MDAnalysis Python 包并执行一些依赖于 Gromacs (.trr/.xtc/.pdb) 生成的轨迹文件的分析。我还包括一些使用 NGLViewer 的简短模拟轨迹,这样我就可以观察模拟的各个部分。
我面临的问题是我希望我的合作者see/interact 进行分析工作并使用 NGLViewer 观察模拟。
涉及一些挑战:
(1) How/where 我是否可以远程托管 Jupyter Notebook,以便我的协作者可以在浏览器中查看进度 window?我不希望他们进行编辑或 运行 代码,只是观察和复制文本并下载图形。这是为了让我免于打包(例如,作为某种降价文档)增量版本的分析并通过电子邮件发送给他们。
(2) 此远程 Jupyter Notebook 页面中的分析代码(用 Python 编写并使用 MDAnalysis 包)需要什么来加载远程存储在 Google 上的数据文件开车?
(3) 与(2)类似,NGLViewer是否可以加载远程文件,例如存储在Google驱动器上,并在站点上显示轨迹供协作者观察?
虽然我的问题与 python 包有关,例如 MDAnalysis、NGLViewer 和来自第三方应用程序 (Gromacs) 的结果,但我正在寻找一种新的方式将多个项目的结果共享给不同的团队国家,以及我自己的团队,我目前无法亲自会面。
您可以创建一个 Google Drive 文件夹并向其中添加数据。然后与所有需要访问数据的同事共享数据。
最后,创建一个 Google Colab 笔记本并在其中添加代码。您可以选择允许人们编辑和 运行 笔记本,或者只允许他们查看结果。如果您只授予他们读取权限,他们必须将笔记本中的副本保存到自己的 google 驱动器中才能编辑笔记本。
这些选项都可以在 Colab 的菜单栏中找到。
您可以按如下方式将 google 驱动器文件夹连接到 Colab:
from google.colab import drive
drive.mount('/content/drive')