使用ggplot2从每行数据正确生成直方图

Question

我有一组数据如下：

pos A   C   G   T
0   0.291398    0.190061    0.315722    0.202818
1   0.315597    0.227511    0.175448    0.281445
2   0.252149    0.194597    0.222815    0.330438

然后我导入了 table:

library(ggplot2)
d = read.table(tablename, sep = '\t', header = T)
d = d[2:5]
data.frame(t(d))

我重新格式化了 table 如下：

        X1       X2       X3
A 0.291398 0.315597 0.252149
C 0.190061 0.227511 0.194597
G 0.315722 0.175448 0.222815
T 0.202818 0.281445 0.330438

然而，当我试图绘制它时：

qplot(X1, data = d, geom = 'histogram')

它给出了下图：

而我想要的应该是这样的：（我用的是libreoffice，所以颜色和宽度等参数都无所谓）

我可以知道如何更正我的代码来制作这个形状吗？任何帮助表示赞赏。抱歉，我对 R 和 ggplot2 真的很陌生。

Answer 1

您并没有告诉绘图您想要什么作为 Y 值。 X1选择的是你得到的值，不是基数，所有的都存在一次，所以你得到的都是1。

您希望将 X1 作为 Y，将碱基作为 X。

修复你的剧情，来自d:

d$base<-rownames(d)
ggplot(d,aes(x=base,y=X1))+geom_bar(stat="identity")

或使用 qplot 命名法：

d$base<-rownames(d)
qplot(data = d, x = base, y = X1, geom = 'histogram', stat = "identity")

编辑：这是我为所有行绘制它的方式：

library(reshape2)
d1 <- melt(d, id = "pos")
ggplot(d1, aes(x = variable, y = value, fill = factor(pos))) +
       geom_bar(stat = "identity", position = "dodge")

使用ggplot2从每行数据正确生成直方图

Use ggplot2 to generate histogram from each row of data properly

r

histogram

ggplot2