带有 tsmp R 包的自定义注释向量

Question

我想为使用 tsmp 包生成的矩阵配置文件 (mp) 使用自定义注释向量 (av)，但我不确定如何修改由例如生成的所述配置文件计算函数。

我注意到该软件包提供了一些针对“标准”情况执行此操作的功能，例如 av_complexity、av_hardlimit_artifact 等，然后是 av_apply，但我想申请自定义 av。我尝试直接替换计算产生的结果中的 mp，即

result <- compute( data , ... )
result$mp <- my_av_mp 

但这不起作用，因为我收到以下错误

Error in `[.data.frame`(matrix_profile$mp, min_idx) : 
undefined columns selected

正在尝试

result$mp[,1] <- my_av_mp

没有给出错误，但是当我尝试进一步使用修改后的结果时，即

motif_results <- find_motif( result , n_motifs = 5 , ... )

我收到错误

Error in apply(.mp$mp, 2, which.min) : dim(X) must have a positive length 

使用 tsmp 包应用自定义 av 的正确方法是什么？

Answer 1

试试这个方法：

1. 创建一个与矩阵配置文件大小相同的注释向量 (d_size - w_size + 1)

my_mp_obj$av <- my_annotation_vector

2. 将正确的 class 添加到对象：

class(my_mp_obj) <- tsmp:::update_class(class(my_mp_obj), "AnnotationVector")

3. 将注释向量应用于矩阵配置文件：

new_mp_with_applied_av <- tsmp::av_apply(my_mp_obj)