如何在 shell 脚本中的目录之间迭代

Question

我想使用函数 fslchfiletype.

将图像从 .img 转换为 .nii.gz

这些图片分别存放在Controls和Patients文件夹中，每个文件夹下都有几个属于每个人的文件夹，如C01, C02,等。具体来说，每个人都有 .img 个文件，位于一个名为 rs_roi 的文件夹中，该文件夹位于另一个名为 ROIS2 的文件夹中。这是我的：

DIR="/media/Roy"; cd "$DIR/Analysis"
for group in Controls Patients; do
    for case in $group; do
        mkdir $DIR/Analysis/$group/$case/Cortical_masks 
                
        for file in $DIR/Analysis/$group/$case/ROIS2/rs_roi/.img; do
        fslchfiletype NIFTI_GZ "$file"
        done;
    done;
done;

注意我还想在每个个体中创建一个名为 Cortiical_maks 的 folder。

这给了我下一个错误：

mkdir: cannot create directory ´media/Roy/Analysis/Controls/Controls/Cortical_masks´: No such file or directory.
Cannot open volume media/Roy/Analysis/Controls/Controls/ROIS2/rs_roi/ for reading!
mkdir: cannot create directory ´media/Roy/Analysis/Patients/Patients/Cortical_masks´: No such file or directory.
Cannot open volume media/Roy/Analysis/Patients/Patients/ROIS2/rs_roi/ for reading!

它正在 Controls Patients 文件夹迭代两次：Control/Control。也许问题出在这里for case in $group; do？感谢

Answer 1

一旦将目录名称分配给变量，就必须对目录进行 glob 操作以获取其内容。否则，如您所见，$group 不会展开，您只是在遍历该单个术语本身。

您可能还想在遍历每个条目之前检查它是否确实是一个目录。

for case in $group/*; do
    [ -d $case ] || continue
    mkdir $DIR/Analysis/$group/$case/Cortical_masks 
            
    for file in $DIR/Analysis/$group/$case/ROIS2/rs_roi/.img; do
    fslchfiletype NIFTI_GZ "$file"
    done;
done;

您可能还应该在更多地方引用您的变量，除非您确定它们不需要引用。我总是用 shellcheck 来检查我的脚本以获得这样的建议。

Answer 2

我对@Noah 的回答做了一个小改动，这个脚本运行良好：

for group in Controls Patients; do
    for case in $group/*; do
        [ -d $case ] || continue
        mkdir $DIR/Analysis/$case/Cortical_masks 
            
        for file in $DIR/Analysis/$case/ROIS2/rs_roi/*.img; do
        fslchfiletype NIFTI_GZ "$file"
        done;
    done;
done;

我删除了两个路径中的 $group，并在我忘记的 *.img 中添加了 *。

如何在 shell 脚本中的目录之间迭代

How to iterate between directories in shell script

shell

sh