使用 bash 在不同文件夹中动态执行函数

Question

我有两个文件夹：control和patients，里面都有几个文件夹，每个文件夹属于一个individual。

我想做两件事：

在文件夹内为每个人创建一个名为 cortical_maks 的新文件夹，并在其中创建另外三个文件夹，名为 accumebens, putamen, caudate
在每个单独的文件夹中，都有 img 格式的图像，我想使用函数 fslchfiletype.
将其转换为 nii.gz

这是我目前拥有的：

DIR="/media/Roy"; cd "$DIR/Analysis"
for group in Controls Patients; do
    for case in $group/*; do
        [ -d $case ] || continue #if its not a folder
        mkdir $DIR/Analysis/$case/Cortical_masks  && cd $_
        mkdir accumbens putamen caudate
            
        for file in $DIR/Analysis/$case/ROIS2/rs_roi/*.img; do
        fslchfiletype NIFTI_GZ "$file"
        done;
    done;
done;

这段代码有两个问题。

第二次运行它，文件夹cortical masks在主文件夹中创建，即controls 和patients，即是，在它应该工作的文件夹之外。
此外，它一次只将一个文件夹的 img 转换为 niig.gz。第一次执行脚本时，为属于第一个人的文件夹转换 imgs，等等

Answer 1

问题 01：

第二次运行时，会在主文件夹中创建文件夹 cortical masks，即 controls 和 patients。如果已经有同名文件夹，我希望它不会创建新文件夹。

我建议您使用 if 循环来验证文件夹 cortical_mask 在运行您的代码之前是否存在：

#check if the folder exist, if yes = true so we add ! caracter to have the opposite
if [ ! -d "$DIR/Analysis/$case/Cortical_masks" ] 
then
      #Your code
fi

问题 02 :

此外，它一次只将一个文件夹的 img 转换为 niig.gz。第一次执行脚本，转换属于第一个人的文件夹的imgs等

如果您想同时执行两个操作，为什么不创建两个 bash 脚本并同时执行它们？或者，您可以通过在您的 OS 中创建一个进程来自动化它们，该进程将为您执行脚本。

使用 bash 在不同文件夹中动态执行函数

Dynamically execute functions in different folders using bash

bash

sh