如何防止 'conda activate' 调用 bash 脚本从脚本中获取参数？

Question

我有一个 bash 脚本，我在其中传递标志中的多个参数（以前是位置参数，仍然有同样的问题）。在脚本中，我为运行不同的程序激活和停用不同的 conda 虚拟环境。

我想添加一个选项，让脚本在中间出现任何问题时停止（这是一个包含许多步骤的漫长工作流程，其中一些步骤冗长 and/or 计算成本高）。为此，我想到了在脚本的开头添加 set -e。

然而，这会使脚本在第一个激活步骤停止，因为 conda activate 命令也尝试将我传递给脚本的所有参数也当作它们的参数。示例：

user@pc$ bash myscript.sh -a file1 -b file2 -c path1 -d string1
activate does not accept more than one argument:
['-a', 'file1', '-b', 'file2', '-c', 'path1', '-d', 'string1']
user@pc$

有点不相关，请注意 conda 如何将标志和参数内容解析为 space 分隔的单独参数。

在脚本里面我有：

#!/bin/bash
set -e
... [stuff here, defining all the flags] ...
source /home/user/programs/miniconda3/bin/activate
... [the rest of the script]

我浏览了这里和 github，但收效甚微。我见过很多人在使用包含 space 的参数和 conda 时遇到麻烦，但我的问题不完全是那个。我看到一个 GitHub 问题，他们建议删除 conda activate 脚本的 @args，但是 1) 这可能会破坏某些东西，并且 2) 我有多个环境并且跟踪每个环境的这种解决方法并不是很优化.

我的第一个问题是：是否可以以某种方式指定 conda 激活步骤不采用父脚本的参数？

最后，我想做的是，如果中间出现问题，能够停止脚本。因此，我的第二个问题是：如果出现问题，是否还有另一种方法可以停止脚本，例如为剧本中的每一个主要节目考虑是否继续？最佳做法是什么？

第一次在这里发帖，有什么不明白的地方请告诉我。

非常感谢！

Answer 1

您需要清除位置参数

#!/bin/bash
set -e
... [stuff here, defining all the flags] ...

# if you need, store the current positional params
args=("$@")

# clear the params
set --

source /home/user/programs/miniconda3/bin/activate
... [the rest of the script]

Answer 2

为什么来源 activate？根据我的经验，当获取文件时，您通常会定义通用函数，因此不应该执行任何代码。但是，如果您希望执行代码，那么您需要了解它将运行就好像它实际上是在调用脚本本身的那个点输入的，所以如果它要处理位置参数，他们最好处于待处理状态（即请参阅格伦杰克曼的回答）。

您的代码是否可以仅通过调用 activate 而不是获取它并仅传递为其指定的参数来工作？

已添加：

当我说“它将运行就好像它是在那个时候实际输入的那样”时，我有点过于简单化了；我为混乱道歉，我应该更准确。它在当前 shell 环境的上下文中执行源文件（在您的例子中是 activate 脚本），而不是在子 shell 中执行它。不过，activate 脚本正在执行，请不要弄错。

来自手册页：

Read and execute commands from filename in the current shell environment and return the exit status of the last command executed from filename. [...] If any arguments are supplied, they become the positional parameters when filename is executed. Otherwise the positional parameters are unchanged.

我不知道最后一部分，这可能是您需要做的事情的关键。在源脚本中操作位置参数时要小心，因为它可能会影响调用脚本：

</tmp/so2603> $ cat foo
#!/usr/bin/env bash

echo -n "FOO #1:"; for i; do echo -n " <$i>"; done; echo
. bar ""
echo -n "FOO #2:"; for i; do echo -n " <$i>"; done; echo

</tmp/so2603> $ cat bar
#!/usr/bin/env bash

echo -n "  BAR #1:"; for i; do echo -n " <$i>"; done; echo
shift
echo -n "  BAR #2 (after shift):"; for i; do echo -n " <$i>"; done; echo

if [[ -n "$BAZ" ]]; then
    set -- "baz"
    echo -n "  BAR #3 (after set):"; for i; do echo -n " <$i>"; done; echo
fi

运行首先在不设置 BAZ 的情况下设置它们，然后使用：

</tmp/so2603> $ ./foo one two "three four" five
FOO #1: <one> <two> <three four> <five>
  BAR #1: <three four>
  BAR #2 (after shift):
FOO #2: <one> <two> <three four> <five>

</tmp/so2603> $ BAZ=true ./foo one two "three four" five
FOO #1: <one> <two> <three four> <five>
  BAR #1: <three four>
  BAR #2 (after shift):
  BAR #3 (after set): <baz>
FOO #2: <baz>

不过，函数内部的位置参数在“全局”位置参数的 different/separate 范围内，因此您可以从函数中获取并完全避免使用它们：

</tmp/so2603> $ cat foo
#!/usr/bin/env bash

call_bar()
{
    . bar
}

echo -n "FOO #1:"; for i; do echo -n " <$i>"; done; echo
call_bar
echo -n "FOO #2:"; for i; do echo -n " <$i>"; done; echo

bar 脚本保持不变，给你：

</tmp/so2603> $ ./foo one two "three four" five
FOO #1: <one> <two> <three four> <five>
  BAR #1:
  BAR #2 (after shift):
FOO #2: <one> <two> <three four> <five>

</tmp/so2603> $ BAZ=true ./foo one two "three four" five
FOO #1: <one> <two> <three four> <five>
  BAR #1:
  BAR #2 (after shift):
  BAR #3 (after set): <baz>
FOO #2: <one> <two> <three four> <five>

仅供参考，使用 set -e:

有很多优点和缺点

BashFaq - Why doesn't set -e (or set -o errexit, or trap ERR) do what I expected?

David Pashley's Writing Robust Bash Shell Scripts

当我需要严格的错误检查时，我通常更喜欢使用它，但每个脚本和程序员都是独一无二的，应该独立评估。

如何防止 'conda activate' 调用 bash 脚本从脚本中获取参数？

How to prevent 'conda activate' calls inside a bash script to take arguments from the script?

bash

arguments

conda