如何实现新的节点形状
How to implement new node shapes
我正在 Cytoscape 中绘制一个网络，添加几个模仿 R 中的 pch 形状的节点形状会很方便，这样我的网络就可以匹配我的所有其他出版物图形。
R 中的网络布局通常看起来很糟糕，但我可以将节点格式化为与其他图中的节点非常相似。另一方面，Cytoscape 的布局要好得多，但节点形状和样式有限。
是否可以在 Cytoscape 中实现额外的形状（例如通过插件），或者，我可以从 Cytoscape 导出网络布局并在 R 中使用它吗？谢谢！
我自己解决了这个问题。答案是使用“RCy3”R 包。我在 Cytoscape 中对我的网络进行了布局，然后通过 RCy3 连接到 R 中的 Cytoscape。这个包有函数 getNodePosition，它将 return 当前网络在 Cytoscape 中的节点位置。
下面的代码将得到这个布局（Cytoscape 必须是 运行 并打开所需的网络）：
cytoscapePing()
mygraph<-createIgraphFromNetwork()
mylayout<-getNodePosition()
mylayout$x_location<-as.numeric(as.character(mylayout$x_location))
mylayout$y_location<-as.numeric(as.character(mylayout$y_location))
colnames(mylayout)<-c("x","y")
然后可以使用 ggraph 或 R 中的其他网络绘图包绘制它，并将 R pch 符号作为节点形状。
我正在 Cytoscape 中绘制一个网络，添加几个模仿 R 中的 pch 形状的节点形状会很方便，这样我的网络就可以匹配我的所有其他出版物图形。
R 中的网络布局通常看起来很糟糕，但我可以将节点格式化为与其他图中的节点非常相似。另一方面，Cytoscape 的布局要好得多，但节点形状和样式有限。
是否可以在 Cytoscape 中实现额外的形状（例如通过插件），或者，我可以从 Cytoscape 导出网络布局并在 R 中使用它吗？谢谢！
我自己解决了这个问题。答案是使用“RCy3”R 包。我在 Cytoscape 中对我的网络进行了布局，然后通过 RCy3 连接到 R 中的 Cytoscape。这个包有函数 getNodePosition，它将 return 当前网络在 Cytoscape 中的节点位置。
下面的代码将得到这个布局（Cytoscape 必须是 运行 并打开所需的网络）：
cytoscapePing()
mygraph<-createIgraphFromNetwork()
mylayout<-getNodePosition()
mylayout$x_location<-as.numeric(as.character(mylayout$x_location))
mylayout$y_location<-as.numeric(as.character(mylayout$y_location))
colnames(mylayout)<-c("x","y")
然后可以使用 ggraph 或 R 中的其他网络绘图包绘制它，并将 R pch 符号作为节点形状。