table 中一列的每种元素的总丰度总和

Question

我真的不知道该如何表达，所以我希望它能被理解。我有一个很大的 csv 文件，其中包含数千行和几列，基本上是这样的：

Class	DBE	Abundance	H/C	N/C	O/C
Class 1	1	10000	0.9	0.08	0.8
Class 1	2	50000	0.8	0.08	0.6
Class 2	1	20000	0.9	0.06	0.5
Class 2	1	30000	0.8	0.08	0.8
...	...	...	...	...	...

...

我想得到每个相同 class 的总丰度（所以总结 class 1、class 2 等的所有丰度）和每个相同的 DBE .我还想要一组 (H/C、N/C) 和一组 (H/C、O/C) 的总丰度。我手动开始这个但是它很长，所以我希望使用 python，因为我知道一点，它似乎有用于计算的库。实现这一目标的最佳方法是什么？ numpy 中的直方图函数看起来很有趣，但需要知道“bins”。编码一些东西来滚动 table 似乎有点过分了。

提前致谢

Answer 1

首先，如果您分享您的（非功能性）代码而不仅仅是您想要解决的任务，我们将不胜感激，请参阅相关指南。

针对您的问题：在将 csv 文件读取到 pandas 数据帧后，您可以尝试使用 pandas groupby function。

例如：

import pandas as pd
df = pd.read_csv("your_csv_file")
df.groupby(["Class"].sum())

然后你总结所有列，除了 Class，你在后面分组并且应该有你的解决方案。

table 中一列的每种元素的总丰度总和

Summing up the total abundance for each type of element of a column in a table

python

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