我在将 bash 命令转换为 shell 脚本时遇到错误 shell 脚本中的语法错误

Question

#!/bin/bash

set -o errexit
set -o nounset

#VAF_and_IGV_TAG

paste <(grep -v "^#" output/""/""_Variant_Filtering/""_GATK_filtered.vcf | cut -f-5) \
      <(grep -v "^#" output/""/""_Variant_Filtering/""_GATK_filtered.vcf | cut -f10-| cut -d ":" -f2,3) |
sed 's/:/\t/g' |
sed '1i chr\tstart\tend\tref\talt\tNormal_DP_VCF\tTumor_DP_VCF\tDP'|
awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{sub(/,/,"\t",);print}' \
  > output/""/""_Variant_Annotation/""_VAF.tsv

如果我运行在终端中使用此变量而不使用变量，我的上述代码将以语法错误结束，它不会显示语法错误

sh Test.sh S1 Test.sh: 6: Test.sh: 语法错误: "(" unexpected

paste <(grep -v "^#" output/S1/S1_Variant_Filtering/S1_GATK_filtered.vcf | cut -f-5) \
      <(grep -v "^#" output/S1/S1_Variant_Filtering/S1_GATK_filtered.vcf | cut -f10-| cut -d ":" -f2,3) |
sed 's/:/\t/g' |
sed '1i chr\tstart\tend\tref\talt\tNormal_DP_VCF\tTumor_DP_VCF\tDP'|
awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{sub(/,/,"\t",);print}' \
  > output/S1/S1_Variant_Annotation/S1_VAF.ts

我的 vcf 文件如下所示：https://drive.google.com/file/d/1HaGx1-3o1VLCrL8fV0swqZTviWpBTGds/view?usp=sharing

Answer 1

如果您尝试运行 sh 下的此代码，则不能使用 <(command) 进程替换。不幸的是，没有优雅的方法来避免临时文件（或更可怕的东西）但是你的 paste 命令 - 实际上整个管道 - 似乎相当容易重构为 Awk 脚本。

#!/bin/sh

set -eu

awk -F '\t' 'BEGIN { OFS=FS;
        print "chr\tstart\tend\tref\talt\tNormal_DP_VCF\tTumor_DP_VCF\tDP' }
    !/#/ { p=[=10=]; sub(/^([^\t]*\t){9}/, "", p);
           sub(/^[:]*:/, "", p); sub(/:.*/, "", p);
           sub(/,/, "\t", p);
           s = sprintf("%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s", , , , , , p);
           gsub(/:/, "\t", s);
           print s
    }' output/""/""_Variant_Filtering/""_GATK_filtered.vcf \
  > output/""/""_Variant_Annotation/""_VAF.tsv

在无法访问 VCF 文件的情况下，我无法对此进行测试，但至少它应该为如何继续提供一个大致方向。

Answer 2

sh 不支持 bash 进程替换 <()。移植它的最简单方法是写出两个临时文件，并在完成时通过陷阱删除它们。更好的选择是使用足够强大的工具（即 sed）来执行所需的过滤和操作：

#!/bin/sh
header="chr\tstart\tend\tref\talt\tNormal_DP_VCF\tTumor_DP_VCF\tDP"
field_1_to_5='\(\([^\t]*\t\)\{5\}\)' #  to 
field_6_to_8='\([^\t]*\t\)\{4\}[^:]*:\([^,]*\),\([^:]*\):\([^:]*\).*' #  to 
src="output//_Variant_Filtering/_GATK_filtered.vcf"
dst="output//_Variant_Variant_Annotation/_VAF.tsv"
sed -n \
  -e '1i '"$header" \
  -e '/^#/!s/'"${field_1_to_5}${field_6_to_8}"'/\t\t/p' \
  "$src" > "$dst"

如果您使用的是 awk（或 perl、python 等），只需将脚本移植到该语言即可。

顺便说一句，所有重复的人建议您重新制定文件命名标准。

我在将 bash 命令转换为 shell 脚本时遇到错误 shell 脚本中的语法错误

I'm facing an error while converting my bash comand to shell script syntax error in shell script

bash

shell

awk