使用文本文件中的每个列表执行命令

Question

我想对文本文件中的每个列表执行一个命令。我尝试执行此代码，但它没有给我任何输出。你能帮助我吗？谢谢！

for i in $(cat list_of_text.txt)
do
    commandtool some_input_file $i> new_"$i".fa

    cat > final.list
    echo -e "new_"$i"\t+" >> final.list
done

list_of_text.txt 看起来像这样

nameabc
namedef
nameghi
namejkl

而 final.list 看起来像这样

new_nameabc.fa  +
new_namedef.fa  +
new_nameghi.fa  +
new_namejkl.fa  +

总结代码的长版本是这样的，我正在尝试创建一个快捷方式：

commandtool some_input_file nameabc> new_nameabc.fa
commandtool some_input_file namedef> new_namedef.fa
commandtool some_input_file nameghi> new_nameghi.fa
commandtool some_input_file namejkl> new_namejkl.fa

echo -e "new_nameabc.fa\t+" > final.list
echo -e "new_namedef.fa\t+" >> final.list
echo -e "new_nameghi.fa\t+" >> final.list
echo -e "new_namejkl.fa\t+" >> final.list

编辑：它现在正在运行。我只是将 cat > final.list 替换为 echo > final.list 并按照答案中的建议将其移动到开头。

Answer 1

将 cat 移出循环并替换为 echo，我相信你想要：

echo > final.list
for i in $(cat list_of_text.txt)
do
    commandtool some_input_file $i > new_"$i".fa
    echo -e "new_${i}.fa\t+" >> final.list
done

Answer 2

也许像这样只计算一次输出文件名并使用 printf 而不是 echo -e 以实现可移植性

#!/bin/bash
true > final.list
for i in $(< list_of_text.txt)
do
    out="new_${i}.fa"
    commandtool some_input_file "$i" > "$out"
    printf '%s\t+\n' "$out" >> final.list
done

Answer 3

> final.list

while IFS= read -r name; do
    new_name=new_${name}.fa

    cmd input-file "$name" > "$new_name"
    printf '%s\t\n' "$new_name" >> final.list
done < list_of_text.txt

> final.list 在追加之前截断（清空）文件。
while IFS= read -r line; ... 循环是一次处理一行输入流的规范方法。与遍历未引用的命令替换相比，它也更加健壮。
< list_of_text.txt 将列表重定向为 while read 循环的输入。

使用文本文件中的每个列表执行命令

execute a command with each list from a text file

bash

shell

loops