如何将当前目录的输出保存到 shell 脚本中的另一个目录？

Question

我想读取当前目录中的所有文件，并将结果保存在另一个目录中。代码如下，但无法获取例外目录中的文件。有没有人可以帮帮我。

for file in *.sorted.bam
do 
samtools index "$file" -o "${file%.sort.bam}".bam | mv /mnt/d/Document/bt2Alignment_result
done

谢谢！

Answer 1

这是您的代码的固定版本：

for file in *.sorted.bam
do
    outfile="${file%.sorted.bam}.bam"
    samtools index "$filepath" -o "$outfile"
    mv "$outfile" /mnt/d/Document/bt2Alignment_result/
done

^{备注：您在尝试去除后缀 .sort.bam}[= 时使用了 glob *.sorted.bam 18=]

就是说，我认为您甚至不需要 mv 输出文件，因为 samtools 可以直接在您想要的位置创建它（使用 -o选项）。另一方面，有时在 glob 中指定路径很方便，例如 ./datadir/*.sorted.bam，因此您应该这样做：

for filepath in ./*.sorted.bam
do
    filename=${filepath##*/}
    outpath=/mnt/d/Document/bt2Alignment_result/"${filename%.sorted.bam}.bam"
    samtools index "$filepath" -o "$outpath"
done

Answer 2

在带 *.sorted.bam

的下一行使用 mv

for file in *.sorted.bam
do 
samtools index "$file" -o "${file%.sorted.bam}".bam 
mv *.sorted.bam /mnt/d/Document/bt2Alignment_result/
done

如何将当前目录的输出保存到 shell 脚本中的另一个目录？

How to save outputs from current directory to another a directory in a shell script?

bash

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