运行 R 脚本使用 JAVA 程序

Question

我是 R 编程新手。我创建了一个简单的 R 脚本并尝试使用 JAVA class 运行它，但我做不到。

我尝试过使用 Rserve 和 rJava。使用 Rserve，代码执行在创建 "RConnection" 实例后停止，而使用 rJava 给出异常 "java.lang.UnsatisfiedLinkError: jri.dll: Can't find dependent libraries".

JAVAclass代码如下：

对于 rJava：

    import org.rosuda.JRI.Rengine;
public class Temp {

public static void main(String a[]) {
    // Create an R vector in the form of a string.
    String javaVector = "c(1,2,3,4,5)";

    // Start Rengine.
    Rengine engine = new Rengine(new String[] { "--no-save" }, false, null);

    // The vector that was created in JAVA context is stored in 'rVector' which is a variable in R context.
    engine.eval("rVector=" + javaVector);

    //Calculate MEAN of vector using R syntax.
    engine.eval("meanVal=mean(rVector)");

    //Retrieve MEAN value
    double mean = engine.eval("meanVal").asDouble();

    //Print output values
    System.out.println("Mean of given vector is=" + mean);

}
}

对于保留：

import org.rosuda.REngine.REXPMismatchException;
import org.rosuda.REngine.Rserve.RConnection;
import org.rosuda.REngine.Rserve.RserveException;
public class Temp {

public static void main(String a[]) {
    RConnection connection = null;
    System.out.println("line 10");
    try {
        // Create a connection to Rserve instance running on default port 6311

        System.out.println("line 15");
        connection = new RConnection();
        System.out.println("line 17");
        //Note four slashes (\\) in the path
        connection.eval("source('D:\\RExamples\\helloworld.R')");
        System.out.println("line 19");
        int num1=10;
        int num2=20;
        int sum=connection.eval("myAdd("+num1+","+num2+")").asInteger();
        System.out.println("The sum is=" + sum);
    } catch (RserveException e) {
        e.printStackTrace();
    } catch (REXPMismatchException e) {
        e.printStackTrace();
    }
}
}

如果您不明白我的问题或者您想了解其他信息，请告诉我。提前致谢。

Answer 1

您只想调用一个外部应用程序：下面的方法不行吗？

Runtime.getRuntime().exec("Rscript myScript.R");

归功于 Whosebug itself

Answer 2

有两种不同的方法来连接 Java 和 R。

如果您想使用 JRI，您必须使用指向包含 JRI 库的文件夹的 JVM 参数 -Djava.library.path 来启动您的 java 程序.

例如：

$JAVA_HOME/bin/java  -Djava.library.path=/app/vendor/R/lib/R/library/rJava/jri/ -jar target/myapp.jar

如果您找不到 JRI 安装目录，请尝试查找 JRI SO 库：

find / -name "libjri.*"

此外，请确保您已在您的环境中创建 R_HOME 和 LD_LIBRARY_PATH：

R_HOME: 指向本地 R 安装 (Ej: /Library/Frameworks/R.framework/Resources)
LD_LIBRARY_PATH: 指向R lib目录和JRI目录(EJ: $LD_LIBRARY_PATH:/app/vendor/R/lib/R/lib:/app/vendor/R/lib/R/bin)

另一方面，如果你想使用Rserve，你需要在单独的进程中启动Rserve，然后创建来自您的 java 进程的 RConnection。

例如：

        if(LOGGER.isInfoEnabled()) {
            LOGGER.info("Starting RServe process...");
        }
        ProcessBuilder builder = new ProcessBuilder("/bin/sh", "-c", String.format("echo 'library(Rserve);Rserve(FALSE,args=\"--no-save --slave --RS-conf %s\")'|%s --no-save --slave", rserveConf, rexe));
        builder.inheritIO();
        Process rProcess = builder.start();

        if(LOGGER.isInfoEnabled()) {
            LOGGER.info("Waiting for Rserve to start...");
        }
        int execCodeResult = rProcess.waitFor();

        if(execCodeResult != SUCCESS_CODE) {
            LOGGER.error(String.format("Unexpected error code starting RServe: %d", execCodeResult));
        } else {
            LOGGER.error("RServe started successfully");
        }

        if(LOGGER.isInfoEnabled()) {
            LOGGER.info("Opening connection to RServe daemon....");
        }
        REngine engine = new RConnection();
        if(LOGGER.isInfoEnabled()) {
            LOGGER.info(String.format("Obtaining R server version: %d", ((RConnection)engine).getServerVersion()));
        }
        //Perform some engine.parseAndEval("....");

rserveConf 是 Rserv conf 文件的路径，rexe 是 R 可执行文件的完整路径。

例如，在我的 MacOS 计算机中，我可以启动 Rserve 执行以下行：

/bin/sh -c "echo 'library(Rserve);Rserve(FALSE,args=\"--slave --RS-conf /Users/me/Documents/test/rserve.conf\")'|/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/bin/exec/R --no-save --slave"

此命令输出如下内容：

Starting Rserve:
  /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/Rserve/libs//Rserve --slave 

Rserv started in daemon mode.

确保在启动 Rserve 时指定“--slave”参数。

如果您想查看更多示例，我在 github:

中有一个同时使用 JRI 和 RServe 两种方法的演示项目

https://github.com/jfcorugedo/RJavaServer

Answer 3

另一种方法是使用 r 的 OpenCpu 包。这是一个非常简单的服务器（不幸的是单线程），它通过 http 接收 r 个函数调用，returns 输出作为响应。

我用它来与 java 交互。

运行 R 脚本使用 JAVA 程序

Run R script using JAVA program

java

r

rjava

rserve