在一个循环中，在每个循环的一行上打印列表中的每个元素

Question

我有这样一个文件：

1:200-320    ['gene_id "xyz";transcript_id "xyzt"; exon_number "1"\n', 'gene_id "xyz";transcript_id "xyzt2"; exon_number "2"\n']
1:3000-3200    ['gene_id "xyz";transcript_id "xy"; exon_number "2"\n']

太乱了，我想通过首先对术语进行分组来整理一下。即拉出 transcript_ids 并写成 transcript_id xyzt, xyzt2; 并最终重复那里的所有条款。

我的方法是先使用替换删除所有乱七八糟的字符

out=open('foo.txt','w')
with open('in.txt', 'r') as f:
    for line in f:
        tidyline = line.replace('[', "").strip()
        tidyline = tidyline.replace(']', "").strip()
        tidyline = tidyline.replace('"', "").strip()
        tidyline = tidyline.replace("'", "").strip()
        tidyline = tidyline.replace(",", "").strip()
        out.write("%s\n" %tidyline)

然后使用 re 尝试匹配字符串并拉回此信息。我能做的，只是不确定如何写入文件以将它们保存在适当的行上。

import re

with open('foo.txt', 'r') as f:
    for line in f:
        result = re.findall('transcript_id\s(\w+)',line)    
        print result
['xyzt', 'xyzt2']
['xy']

我的想法是做这样的事情：

string= "transcript_id %s,%s" %(results[0], results[1])
file.write("%s\n" %string)

但是因为每行的所有列表都是不同的长度，所以不起作用。

Answer 1

你的最后一个问题（编写可变长度的列表）可以使用字符串的连接方法来解决。试试这个：

s = "transcript_id " + ",".join(results)

为了保存文件操作，您应该将输出文件的打开移动到 with 语句，以避免保留未关闭的文件：

with open('in.txt', 'r') as f, open('foo.txt','w') as out:
    ...

您真的需要中间步骤编写 foo.txt 还是这只是一个工作？

希望对您有所帮助。

Answer 2

您可以将所有结果放在一个列表中，然后浏览它：

transcript_id_list = []
with open('foo.txt', 'r') as f:
    for line in f:
        result = re.findall('transcript_id.*?(\w+)',line)
        if result:
            transcript_id_list.extend(result)

for item in transcript_id_list:
    string= "transcript_id %s" % item
    file.write("%s\n" % string)

在一个循环中，在每个循环的一行上打印列表中的每个元素

Within a loop print each element from a list on one line per loop

python

output